今天Firefox 3.0正式发布。mozilla基金会号召所有开源支持者们集体行动，创造软件单日下载次数的吉尼斯世界纪录。令人惊诧的是，到现在为止，来自伊朗的下载量已经超过了16万，超过了中国和加拿大，目前排在前三位的是德国、日本和美国。
Firefox的最大竞争对手，微软IE团队送了个恶搞的蛋糕。说起来这两个团队的关系还算不错，总是礼尚往来。上一次，是FF团队同意IE 7使用自己的RSS图标，以利于用户体验的统一。
后续：最终的记录是八百三十多万次，下载量排名前10的国家分别为：美国，德国，日本，西班牙，英国，法国，伊朗，意大利，加拿大及波兰。
刚刚改进了pFind 2.0的N端可变修饰生成的递归部分的代码，发布2.0.003补丁。
五月份主要工作就是用pFind 2.0和pFind 2.1（流程2）进行大规模的伴随测试。经过对答案，两者都修正了不少BUG。pFind 2.1 Alpha 2估计会于下周一19日发布。我们会带着2.1去用户那里进行Beta测试，这比原计划提前了将近10天。
fy领导的pFind M版也有进展，M是面向未来的版本，已经实现了对ETD的支持，多母离子窗口等梦幻特性。马上就要展开M版和2.1版（流程1 ）伴随测试。
按照计划，6月发布pFind 2.1 Beta 1。到7月底，在至少两家生物实验室完成Beta测试，8月8日，正式发布pFind 2.1的final release，“奥运献礼版”。另外，pFind 2.2也会很快着手，预计在12月1日发布，这就是这么多年传说中的集群版。
最近压力很重，hchi昨天请病假，我还一直欠着pLabel和pScan的设计审阅和双人编程没空展开。不过也很有成就感，pFind 2.0陪着pFind 2.1跑了接近百万张质谱数据，每张谱、每个候选肽、每个打分、每个EV值……一直精确到小数点后五位，确保完全一样。有一次，18万张谱里只有1张不同，结果是1.000007对0.999998，但是hchi穷追猛打，一口气追下去，最终修正了一个很隐秘的BUG。
pFind 2.1 Alpha2 目前还没有界面，8万行C++代码；pFind 2.0经过大规模整理删除，11万行C++代码；正在彻底重写的pLabel 2万行C++；等待大规模重构的pBuild，2万5千行C++；pScan接近1万行C++。这些代码都是在将近18个月里完成的。
接下来这个夏天，拽着2.1怪兽出去吓人，把Mascot打得满地找牙。
Google App Engine不顾俺三番五次申请，就是不给试用帐号。郁闷呀。
这里有一段视频，演示了简单的Google App Engine开发步骤。尤其是用GQL调用传说中的MapReduce海量分布式存储，看得俺直掉口水。趋势不可逆转，很快多数软件都会以ASP（Application Service Provider）方式提供服务。我很想知道微软首席架构师Ray Ozzie看到这东西是什么感觉。
按一般观点，类似俺们pFind这种计算密集型应用，核心模块必须使用C/C++ API，否则慢得难以忍受。然而，一旦基础架构的分布式规模达到Google所谓的“云计算”这种级别，就算有几十万张谱，也可以充分地分而治之，被分解到巨大的PC Farm里，让集群节点一对一PK，甚至进一步按蛋白数据库再细分任务。这种情况下，即使单个节点的线性效率稍差，也可以接受，可能用Python就够了（对比：按我们现在的经验，没经过精心优化的Matlab代码鉴定一张质谱大约5分钟，当然可以进一步采用各种优化加速手段，例如psyco）。到时候，最主要的速度限制也许就来自网络带宽，上传多少即时鉴定多少。
未来某天的软件创业故事：逃课的小孩在大学宿舍里编写了一款网路游戏（比如，也许是跑在iPhone或Android上的多人联机MMORPG），上传到Google App Engine，再到常去的论坛发个帖子，邀请大家来试玩，结果这个游戏一炮而红，Google和中国电信作为基础服务提供商，对利润进行分成。这个故事不会很快变成现实，但是也不会很慢，技术演化总是被低估。
三月份大部分时间在写材料和开会。甚至出现了一个meeting week，周一到周五全都用来赶场参加各种会，最夸张的一天开了三个会，一直弄到将近23:00才散，差点没赶上5号轻轨末班。
上周终于着手2.1新版设计。鉴于大伙儿元气大伤，取消了setup会议，单独找每个人面对面交流再汇总Todo List。
周三下午，把电脑和投影仪搬到会议室里，直接对着代码展开第一个模块的设计。双人编程，正确说，应该是四人编程，推敲所有细节，甚至明 确参数命名。一开始当然有点痛苦，各人都没有特别细致的思路，更别提大家的一致。不过几个回合重构下来，最终一版的空模块（只定义了接口和架构）编译通 过，每个人都很开心，团队的信心和士气提高了不少。这不仅因为完成了第一个里程碑，还因为统一明确了设计原则和质量底线，后续设计工作照方抓药就可以了。 磨刀不误砍柴工，设计阶段精耕细作从来都不会白费。
上周的另一件事是继续调试2.0老版本。多谢chh支援，困扰两个多月的BUG总算有些眉目：第一组实验中，碰到一个变态的蛋白，修饰 位点组合爆炸，出现九千多万种可能性，把递归程序撑爆了；第二组实验中，为压力测试调大了参数，有个地方的vector容器装不下。把两个地方剪枝条件加 强就解决了。折腾这么久，真算职业生涯的奇耻大辱。搞到最后老板都不好意思问了；反而是老妈每晚的餐桌上都关心进展；去参加文献club，生物学家也问 “你的BUG怎么样了”。
另一方面，由此看来，老版pFind的潜力也就仅限于此了，稍微上点数据量就开始这里那里到处漏水。这也正是彻底重新设计架构，开发2.1版的主要原因。
我预计新版的C++代码可以从18万行降到10万行左右，速度提高一倍以上，而海量数据的处理上限，可以有不止一个数量级的提升。当然新版的一个重要变化是实现跨平台，为将接下来的分布式集群版打基础。
如果要给最头疼的C++特性投 票，我会选ABI兼容：C++标准没有明确跨编译器的二进制兼容，于是各个编译器的实现都不同。用VC在Extension Dll里实现一个类，到了gcc代码里就不能直接调用。这带来了很多麻烦，尤其在有移植和平台兼容需求的大项目里。最近我的项目进行下一步规划，就为培训新手挠头。
更糟的是，这还导致其他编程语言不能简明地“胶合”C++：大多数编程语言的编译器或解析器都是以C/C++实现的。按理说来，在这些语言中调用C++的类应该是很容易实现的天然属性。但是正由于ABI不兼容，这些语言要支持C++二进制调用就必须先选择编译器：到底是支持VC还是 gcc？因此很多语言避开C++，以纯C形式的动态链接库（Windows下就是Regular Dll）作为对外胶合的二进制接口。这进一步影响到不少混合语言项目选用C而非C++与动态语言进行高低搭配。
作为实现“底层硬核”的系统级语言，C++的调用接口这种基础机制不理想，负面影响有些大。
当然也有不少对应的解决方案。最有名的是COM，它利用类似虚函数表的方法，建立语言无关的接口兼容模型，微软把Windows系统的几乎所有的模块接口都变成了COM，比如ActiveX和DirectX。还有其他一些常用方案，像SWIG。普通一点的方法是用C语言接口做桥接。
前几天刘未鹏征求中国程序员给B.S.的问题，俺问ABI标准啥时候有指望。据说问题的关键不是技术，而是C++标准委员会各大厂商间的政治原因。
BTW：最近玩D语言，本来就是一帮C++高手另立山头搞出来的，自然是针对后者的软肋作改进，目前看起来的确很美好。不过二十年前C++刚从C里面蜕变出来时，看起来也很美。路漫漫其修远兮。
过去一年左右，听过的最有收获的技术讲座，就是阿北的和云风的。
两人都是骨灰级程序员，阿北写过将近20年的程序，云风C++经验也超过15年；都是一线架构师，在相对自由的环境下，按照自己的思 路，架构一个完整的大系统。所以尽管他们开发的是不同产品，用的是不同技术，讲座内容听起来居然有某些相似：把握技术的方向感，设计上的返璞归真。
其中不少一带而过的设计细节都会引发我的兴奋和一点遗憾：兴奋缘于共鸣，而遗憾则因为“如果早两年前能明白……”。不过反过来说，很多事只有躬身入局试过才能真正明白，否则就是听到了也会放过去。
春节闲翻书，又读了一遍Conversation with I.M.PEI。 贝聿铭从名校毕业后，有十一年都专做贫民区改造项目。这阶段的工作在师友看来有些低档，但是他自己认为非常重要：因为他借此熟悉了社会是如何运作（这一类项目，大多和政府法令和补贴有关，所以必须学会跟着老板去和政府官员和媒体打交道），学会了在受限的条件下作出最合适的设计方案（书里举例说明当时如何想方设法，既能设计出完美的建筑，又能满足严格的成本限制）。通过这些磨练积累，才有了后来的卢浮宫金字塔、香港中银大厦、香山饭店和伊斯坦布尔博物馆。
国内软件业正在发生变化。一大批工程师已经积累了“贫民区改造项目”的经验。一旦这些人得到环境的支持，拥有了独当一面自由发挥的机会，就能做出真正有趣有影响力的设计。接下来几年俺们等着瞧吧。
老妈在玩Python语言，她说Python简洁严谨的风格很像Fortune，“不像C++那么乱哄哄”。从穿孔纸带开始，老太太算是各种技术都经历过一遍了。虽然比不上她老人家，俺用来赚过银子的编程语言，从本科大一兼职开始算，也有十种以上了。
说起不同的编程语言，就掺乎到Language Wars，历来是吃力不讨好的大坑（Joel on software有一篇很经典）。最近几年的趋势是混合语言编程，用静态语言实现关键模块，用动态语言做胶水，必要的时进一步用DSL归纳特定领域的高效开发模式。
Google一下，原来很早就有牛人预计到了这种趋势，看看John K. Ousterhout在10年前于IEEE Computer发表的这篇论文，不得不佩服他眼光很毒。其中关于gluing language和component frameworks的提法，如今已经成为业界的标准术语。
最初的潮流推动者是微软，早期VB正是一种经典的胶水语言：从Web到Office，从ActiveX到DirctX，Win32系统 中几乎所有功能模块和技术特性，用VB都可以轻松整合。即使用今天的观点来衡量，VB6.0 / VC++6.0这一对仍然堪称黄金搭档，整套架构以COM技术为核心基础。只可惜.net技术推出后，VB突然莫名其妙地失去了定位，有一阵似乎希望变成 “另一种C#”，不断向系统级语言演化，反而让老用户无所适从。等明白过味儿来，.net 3.0不得不从头引入新的IronPython。
让出Web开发和企业级开发领域后，C++集中于系统级开发，也就是一般应用软件的“硬核”部分。所以一个有趣的现象是，尽管C++的市场份额在下降，C++程序员的平均工资却在提高。
但C++的复杂性一直让人头疼。最近关于C，C++，D语言的大争论，国内外都引起强烈反响。和以往“编程语言口水仗”不同，不少经验丰富的程序员和架构师发表了自己的意见。
刘未鹏刚发布的这篇《学习C++：实践者的方法》值得推荐。学习C++容易钻到语言细节的牛角尖里出不来，相信很多人都有共鸣，而且身边的新人还在不断重复这种弯路。其实，对系统功能需求本身的理解和分析，比你用了几种惯用法和设计模式，重要得多。BLOG后半部分还给出了学习要点的列表，比较中肯。文中提到的Bjarne Stroustrup的回信，Andrei Alexandrescu的专访，云风的BLOG，都值得看一看。
BTW1：下班时fy大侠评价：“系统跑得很流畅”。这一阶段的优化工作干得很苦，结果也令人欣慰：内存占用降到了老版本的1/5，从 而避免了进程空间2G上溢崩溃的问题，速度也有所提高。改进效果在越大的数据上越明显。human库同时指定5、6种可变修饰，pFind不再那么吃力 了。
BTW2：近几个月的重构，“水面以下”的进展是以exception throw替代掉原有C风格的return false和GetLastError()。十几万代码，三十几个模块，逐步利用各种机会顺手重构，到今天算基本改完了。目前的异常和日志机制让我满意。 如果要列出用C++而不用C的最主要原因，我大概会选STL和异常处理。
BTW3：闲暇时玩玩D语言，编程的感觉很好。变化的正是C++那些让人别扭的历史包袱。
晚上7点，完成了三十分钟的Rebuild All，开始重跑测试流程，守在键盘旁边，不停刷新Track日志，听到心脏砰砰在跳。
输出无误！
老生常谈的教训：在压力下急躁失措，没有坚持逐步迭代重构的原则。妄想在一次大动干戈、没有单元测试的修改中，同时满足“大规模优化流程“和“添加复杂的新功能”两个目标。最终只好回滚代码版本，从头再来，反而耽误了更多进度。
deadline拖延了一周总算有交代，阿弥陀佛，这次算是扛过去了。陈老板说，他的本事就是：“每次都能在快跳楼之前把活做出来”。
check in到版本服务器，给组里发邮件。长出一口气，好像卸掉了千斤重担，突然感到很饿，才意识到忘了吃午饭。折腾了十天，名符其实的“寝不安席，食不甘味”。于是赶紧出门，回来沐浴更衣，补充给养，明日整军再战。
后天，合作伙伴大队人马过来了解进度，善哉善哉。
SD2China的VIP沙龙，胡百川说：“项目经理的阵前折损率是很高的”。
很多朋友都问参加SD2China（软件开发2.0大会）的感觉，还在“反刍”中，也想等等看别人的BLOG有什么整理。回过来审视自己手头的pFind 2.0工作，有了不少新的视点和思路。
参加SD2China原因之一是冲着Andrei Alexandrescu去的，他的课程都听了，得到亲笔签名的C++ Coding Standards：101 Rules, Guidelines, and Best Practices。这里有段专访，里面提到C++0x标准提案里，他最喜欢的三个features是：variadic templates、auto和concept，说到俺心里去了。