Monthly Archives: March 2006

重读《史记》

  重新读《史记》。这一遍把汉朝的政治斗争那部分看得比较仔细。顺便找了不少相关的文字。印象比较深的是苏轼的几篇政论:《范增论》、《留侯论》、《贾谊论》、《晁错论》。易中天的百家讲坛值得听听,可以参考《帝国的惆怅》。如果更严谨一些,还有钱穆的《中国历代政治得失》

  关于文化传承,许知远的blog上这么写:

  “……社会也充满了重振儒学的口号,但那种粗暴的复苏传统的方式,像是一出滑稽剧。风范可以被传递,却不能被机械地模仿。中国传统看起来就像是博物馆中的展品,人们不知道如何赋予它现实的生命力,尽管人人都觉得这很迫切……”

pFind引擎核心搞定了

  静下心来搞pFind蛋白质质谱鉴定系统的引擎核心。今天终于搞定了所有问题。版本冻结。

  春节回来,进展如下:

  • 约束组里用版本管理服务器交流代码;review,写注释
  • 修正内存泄露bug;修正离子误差计算bug;修正默认评价算法bug
  • 评价模块添加一种新算法
  • 重构体系结构,用工厂类集中管理各个算法模块
  • 添加算法调试流程
  • 添加性能测试流程;对Intel编译器进行性能对比测试,相对VC7.1提高9%以上
  • 对外交流,初步形成集群版本的规划

  这周末,check in第一个里程碑版本。

本周收藏.2006.03.26

本周收藏.2006.03.18

周末比平时忙

  害怕周末,比平时紧张。

  周五晚上写代码到2点,周六上午上在职研究生英语课迟到,老师问我why,我说cold,他说我不诚实。一整天上课都没状态,最后的小测验成绩可想而知。晚上回来又写代码到半夜,然后整理“每周收藏”。今天又为二手房的事疯狂跑。累。

  blog上好久不谈技术了。上周打算读的书也只看了几章,的确好玩,等有精力再写吧。

  持续重构pFind搜索引擎,搞定了遗留的BUG,添加了“算法调试”和“性能测试”两个流程。有了单元测试保护,这过程是种享受。三月底发布里程碑版本。

  接下来又要折腾论文的事情。

本周收藏.2006.03.12

本周收藏.2006.03.04

读完《基因组:人种自传23章》和《Modern C++ Design》

  回到北京后杂事很多,看生物信息的论文,还看完了《基因组:人种自传23章》,暂时把《Modern C++ Design》放下了。昨晚没写BLOG,看完了剩下的几章:Object Factory、Abstract Factory和Visitor,这几个模式的Policy不多,相对简单。

  泛型技术没有想象的那么难,只要把前三章的基础啃下来了,后面都是应用。设计模式不是教条,而是根据实际情况调整的策略。C++0x标准放弃Loki的智能指针,而采用Boost的auto_ptr和shared_ptr,不喜欢

C++和集群系统

  现代C++的发展方向让人困惑:泛型技术的确很酷,却妨碍了模块的动态链接。没有Java Bean这样的标准组件模型可能算是C++语言最让人头疼的地方,程序员被各种编译器和操作系统的细节淹没。

  大型系统里,C++到底负责哪些部分更合适?时髦的体系结构是这样的:用C++实现library层,用Java甚至更华丽的动态语言实现业务层和界面层。看起来很美,比如Eclipse和SWT

  串联质谱鉴定系统搜索引擎pFind以外的模块如何组织?一直拿不定主意。

  上周去合作单位,实际操作同类的国外工业级产品,集群系统的体系结构给我留下了深刻印象:由C++实现各种独立的后台服务,无论命令行、Java GUI界面、分布式网络协议或Web界面方式,都能操作这些服务进程。的确是简明漂亮的方式。

  好的解决方案往往都很简单。比如集群节点间的通讯服务,其实只需相互交换简单的消息,再利用NETBIOSNFS共享具体数据就行了。