Monthly Archives: February 2007

到Evaluating Recommendation了

  这个春节没过踏实,眼巴巴等着论文的回音。今天网站上的状态终于从漫长的Under review变成了Evaluating Recommendation,估计一两天内就会有反馈邮件,紧张,感觉像等待最后判决的犯人。

  BTW:所谓的胸襟器宇,毛泽东有诗“贾生才调世无伦,哭泣情怀吊屈文。梁王坠马寻常事,何必哀伤付一生?”(乱翻《诗词读写丛话》的随感,没头没尾,先记下来再说)

拜年

  这几天和组里的博士pair programming。一方面帮别人积累工程经验,自己也有所领悟。另外还顺手改进pFind 2.0试用报告里总结出的不足。忙到今天,假期总算开始了。

  晚上请老娘去“江南厨子”吃西湖醋鱼,然后去第三级书局逛了逛。我们买了汪曾祺的《草木春秋》,张中行的《诗词读写丛话》和李敖的《北京法源寺》,预备过年这几天看。

  回来路上,看到一对恋人在追逐打闹。女孩子有一张可爱的娃娃脸;小伙儿也很帅,一身利索的运动服。如果只听哈哈笑声,你不会想到他们都 是坐着轮椅的残疾人。他们应该是在海淀体育馆训练的运动员,平时很忙,今天放假。 路过斜坡,我还没来得及过去帮忙推一把,就看女孩子兴奋地从后边拉住男孩儿轮椅的把手,而她的男朋友像个火车头一样,用强壮的胳膊推着轮子,硬是把两个轮 椅都拽上去了。

  以后几天上网不方便,那么一周后再见,提前给大家拜年了。

刚日读经柔日读史

  古人说“刚日读经,柔日读史”。按现代思考方式,可以理解为:浮躁的时候,要逼着自己读些正经八百的书,踏踏实实长真本事;郁闷的时候,可以看看小说啊历史啊一类的,放松大脑振奋情绪。不管读什么,总之开卷有益。

  这两个月里里外外都还算顺利,可是有段日子没读书了。看到zy mm的blog,她最近古今中外读了不少好书,馋起来了。也列了个单子,打算明天去书店。既然“刚日读经”,就加上几本不那么轻松但早就该啃的,定个进度督促自己。

第一次现场测试

  下午email了这次的用户测试报告,任务算全搞定了。明天把服务器运回去。

  随着样品逐渐复杂,不断增加难度:先鉴定牛血清标准蛋白样品;接着是6种不同的哺乳动物标准蛋白的混合样品;然后开始测试实际实验样品,鉴定含有几十种人类细胞蛋白的质谱数据;第四天进入深水区,开始鉴定含有超过三百种蛋白的样品……

  pFind和竞争对手Mascot一起跑,请生物学家对结果进行分析对比,必要时打开原始谱图人工判断匹配的正确性。和商业化的产品比,我们显然还很粗糙。中间崩溃过一次,只好停下来找BUG;易用性和结果呈现受到批评。战战兢兢,但不管怎么说,生物学家对搜索结果本身比较满意,核心算法得到了承认。第一次现场实验,还算说得过去吧。

  记录两个小花絮:

  跑牛血清标准蛋白数据,用Human库做背景。搜出来的结果居然包括很多的人类蛋白,郁闷。得到解释说,这些大都是角蛋白(人的皮肤和头发),还有汗液里的抗菌成分,是从实验者身上或空气浮尘土带来的污染,很难避免。

  后两个实验用的样品是大名鼎鼎的HeLa细胞,就是那个传说中不死的女人。