Monthly Archives: June 2008

停BLOG14天

  按进度计划,我们会在7月1日发布pFind 2.1 Beta 2,同时pLabel、pBuild和pScan也各自发布新版。这是重要的里程碑。也许是我进入生物信息组3年以来,最重要的一个。每天都感觉在不断接近“把Mascot打得满地找牙”的理想。组里打算为上半年大规模工程开发圆满完成好好庆祝一番(庆祝的事情交给我筹备,可我现在一点心情都没有)。

  未来10天,Todo list上还留着不少待处理事项,好多麻烦搞得人睡不好觉。感觉自己变得敏感易怒,刚刚还犯了一次偏头痛。

  需要集中精力,把pFind 2.1发布搞到尽量完美。所以不得不停BLOG两周,不好意思。

  那么我们7月5日再见。到时候我会邀请蛋白质组学方面的朋友试用pFind 2.1。

《一把雨伞给这天用》和《沉思录》

  周四晚上买了格纳齐诺的《一把雨伞给这天用》,周五晚上又买了马可·奥勒留的《沉思录》

  

  《一把雨伞给这天用》没有一口气看完,只在轻轨上翻了前几十页,又跳读了几个地方。苏珊娜家聊天那段,很有趣。在豆瓣上找到miserwei的书评,同样是仅仅读完了前面一小截,过了99页才找到好玩之处,与我的阅读体验类似。(BOSS H一直说,看《士兵突击》好多次,都是开个头就看不下去了。前两天,看样子他终于耐着性子熬过了前几集。如果他像我一样错序看,也许不会这么痛苦。)

  很早就想买《沉思录》,一直有种抗拒感:阳春白雪的古典哲学,因为被克林顿和温总理推崇,作者又是古罗马元首(imperator,常称为皇帝,以前讲过这个词的翻译),于是畅销起来。以前商务印书馆的简装本挤在二楼最里面的书架上;现在变成了“双语典藏版”,与经管、炒股、中国崛起、名人访谈一起摆在书店门口最显眼的地方。据说这书和《资治通鉴》一样,成了官场上的时髦礼物。这是“长尾理论”的经典案例。

J.K. Rowling在哈佛大学的讲演

  昨晚睡前花了2小时追杀3只可恶的蚊子。在等待“嗡嗡”声出现的空隙,我重温了《哈利·波特》前两本。

  J.K. Rowling于6月5日参加了哈佛大学2008年的毕业典礼,被授予荣誉学位,并作为特邀嘉宾做了标题为《The Fringe Benefits of Failure, and the Importance of Imagination》的演讲。老实说,我觉得她的讲演比去年BG的更有趣。当然,更公平来说,每年的哈佛毕业典礼的讲演都很精彩。

  看来《哈利·波特》里的很多描述和感悟,例如对失败的恐惧、贫困(罗恩一家)、种族歧视、狐假虎威的官僚以及专制压迫,都源于作者的实际体验。保守的宗教团体因邓波利多校长被描写为同性恋而抵制《哈利·波特》,Rowling就此幽默了一把。

FF3下载日

  今天Firefox 3.0正式发布。mozilla基金会号召所有开源支持者们集体行动,创造软件单日下载次数的吉尼斯世界纪录。令人惊诧的是,到现在为止,来自伊朗的下载量已经超过了16万,超过了中国和加拿大,目前排在前三位的是德国、日本和美国。

  Firefox的最大竞争对手,微软IE团队送了个恶搞的蛋糕。说起来这两个团队的关系还算不错,总是礼尚往来。上一次,是FF团队同意IE 7使用自己的RSS图标,以利于用户体验的统一。

  后续:最终的记录是八百三十多万次,下载量排名前10的国家分别为:美国,德国,日本,西班牙,英国,法国,伊朗,意大利,加拿大及波兰。

生物信息和创业

  都知道我患有轻度创业妄想症,痴迷收集各种白手起家的离奇故事,狂热鼓动周围所有合适不合适的朋友下海。可俺手头的工作叫生物信息,传说中最阳春白雪,让热血青年丧失注意力的一种罕见菌类,哦不,我是说一种罕见学科。

  所以俺总在饭碗和理想之间寻找联系。

  以前就写过BLOG,猜测生物信息领域未来最可能的杀手应用。里面提到的23andMe其实是Google创始人的新婚妻子创建的。(Google两个创始人几乎同时结婚,娶的都是搞生物信息的博士)。今天在科学松鼠会看到一篇以玩笑口吻撰写的创业计划。笑过以后提醒你,并没有看起来那么荒谬,目前硅谷VC资助的生物信息创业公司,基本也就是这些路数。

  关于扫描基因取得个人倾向,05年想到时还很兴奋。其实已是老生常谈。电影GATTACA里性感美女谈恋爱的标准模式,就是拔根头,然后留下联系方式,“如果对我感兴趣,打电话”。你可以拿着头发去医院里算命:如果有孩子,得心脏病的概率是多少。

  BTW:伦理问题不是工程师的范畴,让哲学、社会学和法律专业的兄弟姐妹去头疼吧。最坏情况下,出现基因专利和昂贵的定制基因服务,就像刘慈欣《赡养人类》里的一号文明一样,富人和穷人逐渐演变成不同物种。

关于卡夫卡

  (这篇BLOG十天前就想写下来。明天起软件开发和测试又要忙起来,趁脑袋里印象还没变淡赶紧敲)

  读过《变形记》,就知道以后再读卡夫卡的书必须要做好充分心理准备。即使心情最灿烂时翻开,也可能迅速被绝望和抑郁吞没。

  如果在网上搜索卡夫卡,赞誉的话车载斗量。最近好几届诺贝尔文学奖得主都喜欢卡夫卡。我最喜欢的中国作家王小波和余华,也自称深受卡夫卡影响。周围的文科朋友,只要提起卡夫卡,话题就特别多。

  作为理工科出身的业余文艺虫子,没啥独立观点,只懂附庸风雅。于是数次试图强攻《城堡》,均半途而废,用“不忍卒读”形容绝对恰当。心智不够成熟坚强,朽木不可雕也。

  《布鲁克林的荒唐事》里有这么一段,再次鼓起了阅读卡夫卡的勇气。

  这是卡夫卡生命的最后一年,他已爱上了年轻的姑娘多拉.戴芒特,她只有十九或二十岁,是从她在波兰的犹太教哈西德教派家庭里逃出来的,现居柏林。她只有他的一半年纪,但就是她给了他离开布拉格的勇气——他想做这件事已有多年,她是第一个、也是唯一同他生活在一起的女人。一九二三年秋天他移居柏林,第二年春天就死了。尽管他健康恶化,尽管柏林的社会状况很糟:物品匮乏,政治暴乱,德国历史上最严重的通货膨胀,尽管他无疑知道自己已不久于人世,可这最后的几个月也许是一生中最快乐的时光。

    每天下午,卡夫卡出去到公园里散步,多拉常常陪他一起去。有一天,他们遇见一个小女孩在伤心啜泣,涕泪涟涟。卡夫卡问她怎么啦,她说她的玩偶不见了。他马上就编了一个故事,告诉她是怎么回事。“你的玩具娃娃旅行去了,”他说。“你怎么知道?”她问。“因为她给我写了一封信,”卡夫卡说。小女孩看来不大相信。“你带着信吗?”她问。“没有,对不起,”他说,“我把信留在家里了,我做得不对,但明天我会带来。”他说得那么可信,那小女孩便不知道再多想什么了。这个神秘的人说的是真话,这是有可能的吧?

    卡夫卡径直回家写信。他在书桌旁坐下,多拉看着他写信,她发现他的神情就像平时写作时一样认真,紧张。他不是要骗那个小女孩。这是真正的文学劳作,而他决心把它写好。如果他能编造一篇美丽而有说服力的谎言,这就会弥补小女孩的损失,尽管写的是不同的现实,甚或是虚假的现实,但根据虚构法则,这是真实可信的。

    第二天,卡夫卡带着信急急忙忙赶去公园。那小女孩在等他。由于她还不识字,他便把信大声念给她听。那玩具娃娃非常抱歉,因为所有时间都跟同样的人生活在一起,她感到厌倦,她要走出去看看世界,去交新朋友。不是她不爱小女孩,而是她渴望换换风景,所以她们得分离一段时间。然后娃娃答应每天给女孩写一封信,让她及时知道她所做的事情。

    这故事就在这里开始打动我的心。卡夫卡不嫌麻烦写地一封信就足以令人吃惊,不料现在他又要自己承担每天写一封信的责任——不为别的,只为了要安慰这个小女孩,而他和她素不相识,只是一天下午在一个公园里偶然碰见了她。什么样的人才做这样的事?他连续写了三个星期的信。内森,三个星期。他是最卓越的作家,生活中从不浪费时间——对他而言时间已经越来越少而显得更珍贵——他却还代为一个丢失了的玩偶虚构书信。多拉说,他每写一句都为细节苦思冥想,其文笔明晰、有趣而引人入胜。给那女孩念不同内容的信。玩偶长大了,上学了,认识了别的人。她继续要小女孩相信她爱她,但也暗示说,生活中某些复杂因素使她不能回家。一点儿一点儿地,卡夫卡让小女孩做好心理准备,知道玩具娃娃将永远从她生活中消失的时刻就要来临。他竭力要写出一个满意的结尾,担心如果写得不成功,这魔力就将失效。试过多种可能后,他最后决定把玩偶嫁出去。他描述了她爱上的年轻人、订婚派对、在乡下举行的婚礼,甚至还有玩偶和她丈夫现在住的房子。然后是最后一行字,玩偶向她心爱的老朋友告别。

华盛顿纪念塔上的清朝宁波知府题字

  端午节期间看完了易中天的《费城风云》,立宪会议的唇枪舌战很有意思。

  附录列出55名代表的生平事迹,有关乔治·华盛顿的一段比较好玩:1848年兴建的华盛顿纪念塔,有块高61米、宽1.2米的中文碑,是当时清朝宁波知府毕永绍题写的,碑文引述前福建巡抚徐继畲的《瀛寰志略》内容,最后几句是这样的:

  “美利坚合众国以为国,幅员万里,不设王侯之号,不循世及之规,公器付之公论,创古今未有之局,一何奇也!泰西古今人物,能不以华盛顿为称首哉!——大清国浙江宁波府镌,耶酥教信辈立石,咸丰三年六月初七日。”

  搜索一下有关历史:赠碑时,徐继畲已被罢官了。赠碑不到三个月,毕永绍也从宁波知府的职位上离任。1862年,洋务派建立外交部,徐继畲复职为三品京堂,美国总统特别委托国务卿,请艺术家绘制一幅华盛顿画像,远涉重洋,命美国驻华公使赠给徐继畲。

新闻批注

  中星9号直播卫星终于赶在奥运会之前发射成功。卫星采用我国自主的ABS—S和AVS技术标准

  研发成果实际用起来,才是工程师最大的价值体现。

  发表论文,申请专利,建立标准……最终在国计民生重要环节(例如:中国首颗电视直播卫星上的视频信源编码标准)发挥关键作用(例如:直接为奥运转播服务,卫星有47个频道,那么每年节省上千万美元的MPEG4专利费)。有机会把整个链条走完是种幸福。向曾经和正在参与AVS标准研发的弟兄们致敬。

  攀亲戚:好歹俺也曾借调到AVS课题组做过一星期的手机播放器界面呀,嘿嘿。

  借机抒情一把:pFind任重而道远,俺将上下而求索。

《三体II:黑暗森林》

  前天买到了刘慈欣《三体II:黑暗森林》,一晚上就看完了。

  之所以吓人,是因为“两条基本公理和由此形成的推论”的确显得很有道理。星际文明之间的抑制甚至毁灭,与罗伯特·J·索耶的《计算中的上帝》有类似之处。

    

  其中有很多好玩的细节,比如,引用《2001:太空奥德赛》和《银英传》的只言片语。印象最深的,是三体无人侦查器“水滴”击溃人类舰队的场面,为了描述三体世界明显高于人类的科技水平,举了一个程序员才能看懂的例子:

  ……无情杀戮在继续,随着四面逃窜的舰群间距的拉大,“水滴”很快把自己的速度增加到60千米/秒。在不间断的攻击中,它显示了冷酷而精确的智慧:追击路线完美地解决了邮差问题。这些精确测量和运算,都是在目标位置不断高速移动的情况下,不动声色地完成……

  邮差问题是NP-COMPLETE问题,目前还没找到多项式时间内结束的可行算法。当然,四十年来也没人证明它不可解。NP-COMPLETE问题若有突破,图灵奖是拿定了。我们pFind的肽到蛋白归并算法,本质上等同于二部图划分问题,就是一个NP-COMPLETE。

web2py和uliweb

  先来一幅hurryto的四格漫画,再说正事。

  Google发布GAE后,Python社区热闹起来。很多框架和开发界面在第一时间实现了对GAE的兼容。下面视频是web2py的演示。

  appspot.com上已经冒出了很多有趣的项目。特别推荐一下uliweb。国内最出色的Python开发者limodou在试用期就得到了GAE帐号。uliweb是他推出的又一个开源项目。小建议:像web2py一样制作更多视频,最好有中英文两个版本。教学video逐渐代替用户手册和帮助文档,这是潮流。(BTW:我们的pFind Studio套件各个工具都制作了演示视频,将在新版网站上公开)