三月份大部分时间在写材料和开会。甚至出现了一个meeting week，周一到周五全都用来赶场参加各种会，最夸张的一天开了三个会，一直弄到将近23:00才散，差点没赶上5号轻轨末班。

　　上周终于着手2.1新版设计。鉴于大伙儿元气大伤，取消了setup会议，单独找每个人面对面交流再汇总Todo List。

　　周三下午，把电脑和投影仪搬到会议室里，直接对着代码展开第一个模块的设计。双人编程，正确说，应该是四人编程，推敲所有细节，甚至明 确参数命名。一开始当然有点痛苦，各人都没有特别细致的思路，更别提大家的一致。不过几个回合重构下来，最终一版的空模块（只定义了接口和架构）编译通 过，每个人都很开心，团队的信心和士气提高了不少。这不仅因为完成了第一个里程碑，还因为统一明确了设计原则和质量底线，后续设计工作照方抓药就可以了。 磨刀不误砍柴工，设计阶段精耕细作从来都不会白费。

　　上周的另一件事是继续调试2.0老版本。多谢chh支援，困扰两个多月的BUG总算有些眉目：第一组实验中，碰到一个变态的蛋白，修饰 位点组合爆炸，出现九千多万种可能性，把递归程序撑爆了；第二组实验中，为压力测试调大了参数，有个地方的vector容器装不下。把两个地方剪枝条件加 强就解决了。折腾这么久，真算职业生涯的奇耻大辱。搞到最后老板都不好意思问了；反而是老妈每晚的餐桌上都关心进展；去参加文献club，生物学家也问 “你的BUG怎么样了”。

　　另一方面，由此看来，老版pFind的潜力也就仅限于此了，稍微上点数据量就开始这里那里到处漏水。这也正是彻底重新设计架构，开发2.1版的主要原因。

　　我预计新版的C++代码可以从18万行降到10万行左右，速度提高一倍以上，而海量数据的处理上限，可以有不止一个数量级的提升。当然新版的一个重要变化是实现跨平台，为将接下来的分布式集群版打基础。