Monthly Archives: August 2006

喝到水了

  “就像在沙漠里走了十天,终于喝到第一口水”——姚明

  山重水复的时候出现转机。今天那些奇奇怪怪假阳性曲线消失了。组里这些天的不断改进终于见到了成效。索引程序的BUG的修改算法和数据的精度的加强肽序列质量计算公式的摸索N端M问题的发现、搜索策略的尝试……这些点点滴滴的细节构成了量变的基础。

  论文还在不断改,感谢总热心提醒我的dq。

  回家好好休息一下。下个月继续前进。

质量精度

  前些天fy踅摸出肽序列实验质量公式。代入第一同位素的原子量,结果与Mascot一致。但是对于元素平均值,则出现了0.01左右的差别。

  平均计算的精度相对较低,其实不用来来回回加氢原子减质子这么折腾。所以我怀疑Mascot对公式进行了简化。大伙试了几次,最后用最老实的办法,MH直接减掉氢的平均原子量,搞定。

  且慢,fy大虾又发现Mascot使用Unimod database的修饰数据,也许和我们的数据不同?对比中……

M和水蜜桃

  最近都加班到很晚,不过进度满意。

  共享内存索引服务的BUG被彻底清除后,周六着手移植到新版SDK,周日搞定,开始跑测试。对比结果,我发现Mascot做蛋白质酶切时,会先除掉N端的M(甲酰蛋氨酸)。组长很快查到了这操作的理论依据。今天我在pFind里也加上了对应的处理代码。再运行测试数据,鉴定率又有提高。

  刚才在路上买了两个大水蜜桃犒劳自己。连续十几个小时对着屏幕了。吃完桃洗澡睡觉。

本周收藏.2006.08.27

KernelTrap,晕

  好久没浏览KernelTrap.org,输入URL都有些内疚。先看到Jeremy Andrews的申明,说他九月份不会更新了,因为要搬家。然后看到一篇Linux: 2.6.16.y Lives On,开头全是历史知识普及(懒,不翻译了):

  “The Linux kernel development model changed a couple of years ago at the 2004 Kernel Summit [story]. At that time it was decided that as a team Linus Torvalds and Andrew Morton [interview] were doing a great job together maintaining the 2.6 kernel, using Andrew’s -mm kernel as a staging area with new features being allowed into the mainline kernel and ultimate stabilization left up to Linux distributions. In March of 2005, Greg KH and Chris Wright began maintaining a -stable patchset [story], accepting small, focused patches fixing real bugs or security issues……”

  这么多久违的人名和补丁包,有点激动。脑子里过电影,都是本科时代的情节:天天关注lkml和-mm更新;逃课去听AKA的内核分析;飞到深圳打工,往盒子里移植linux内核,宿舍的哥们帮我应付点名和作业;超崇拜Robert Love……

  刚听说Andrew Morton去Google了,一晃我的joyfire.net也三年没维护了,晕。这次pFind集群版的是个好机会,可以借此重新熟悉Linux开发。

慎独

  儒家经典讲究“慎独”,关于这个词,宋代朱熹以来的主流解释就是要克制,尤其是单独一个人,没有外在条件限制时,仍能坚持原则,不偷懒,不贪妄,不自欺。

  还有另外的解释,认为“慎独”应该是指内心的专注,指诚其意。《尔雅》云:“慎,诚也”。《五行》云:“独也者,舍体也”。即舍弃身体感官对外物的知觉、感受,回到内在的意志、意念,不受诱惑干扰,专注于长远的目标。

  更喜欢后一种。和上次写的“学而时习之”三段论一样,偏不按宋儒正统来理解。谁知圣人到底怎么想呢?

  如今读经又渐渐时髦起来了,这当然不是坏事。不过搞得死记硬背、愁眉苦脸就免了吧,读就应该读出自己的味道来,这才好玩。

客户亲和力和自组织型团队,还有某个幸福的Googler

  加班总会降低情绪,即使是在没有进度压力的情况下的自愿加班。

  利用午饭时间上网,全是央行加息。前天从中介手里拿房产证,这事算尘埃落定了。刚去了趟银行,用领回来的押金交这个月的贷款。开通了每月还贷提醒短信。刚浏览一条新闻,标题是“窥Google中国幸福生活”,结果发现这张照片,哈哈,看看我在里面找到谁了?帐篷都带到办公室里去了,羡慕++

  推荐两篇XP方面的好BLOG:

  “…… 我经常听到人们说做企业软件枯燥乏味,无非是把数据传来传去,真正有本事的人得做真正地道的软件——需要很炫的算法,还得死磕硬件,没准还有满篇的数学。 我觉得发生这种情况通常就是由于缺失了客户亲和力。企业软件开发对智力水平的真正挑战来自:对某一业务领域,如何弄清软件在哪些地方能产生什么样的实际贡 献……”
  ——Martin Fowler,《客户亲和力》

  “……并不是每一个人都可以当好一个为团队服务的领导者。有些人喜欢发号施令,而不想给团队成员提供服务。有些人服务很到位,却缺乏领导的权威……”
  ——孟岩,《自组织型团队》

算瑞是什么

  去新疆带了本《世界征服者史》上册读,觉得挺好玩。

  今天跑到维基百科中文版添加了一个关于“算瑞”的条目。这是我在维基上第二次编辑,第一次偶然路过,顺手把“九·一八”重定向到了“九一八事变”。外行瞎写,连“算瑞”的阿拉伯文都不知道,解释未必对,呼吁明白人赶紧去修正。

  后记:晚上回来接着编辑。网上没找到有用信息,查了半天书,终于搞清了英文原文,然后就在维基百科上找到这个词的阿拉伯文和现代汉语的常用译法了。

开始用ICE写程序,组里来新人

  开始用ICE写些试探性的分布式小程序了,感觉不错。

  索引服务还有问题,肽质量计算仍然有BUG要改;Q_TOF预处理数据要全面再跑一次,评价效果;新版预处理DLL开发还有很多事要协调。自己写代码,纯技术问题永远是简单的,麻烦都来自人,所以百分之五十以上的工作内容都是交流、交流再交流。

  组里来的新人chh的工程能力让人赞赏:本科参加ACM竞赛用的是Eclipse + GCC + Linux编程平台;毕业设计用VC7.1开发图形图像处理软件;算法功底不必多说,设计模式也了解不少。这下开发工作可以指望帮手了。有踏实的基础到哪里找不到好出路呢。