Monthly Archives: June 2007

上来冒泡

  发烧、流鼻血、看急诊、打针、吃药、请假…… 两个星期没写BLOG了,上来列点流水帐,免得以为我去火星了。

  搬家,好容易搬过去了,发现无数细节问题,地板鼓起来了、热水器排暖管把玻璃烫裂了、空调装歪了噪音很大……被俺一一摆平。此外,去时代金源买了餐桌和茶几,还换了铝制暖气管。

  编辑又来信,说插图的DPI不符合Wiley出版社的标准。只好开始跟photoshop死磕。自我安慰,挑插图的毛病说明论文有望被接收吧。

  前两天维基百科英文可以访问,在里面添上了pFindKSDP的词条,现在又上不去了。

  pFind评价算法中的EV计算依赖于参加鉴定的候选肽的个数,太少的话无法拟合分布计算概率。在搜索引擎里加了个内差,现在不仅在LTQ、LCQ和QTOF上,在高精度的FT和Orbitrap上鉴定效果也不错。

小鼠的心脏病

  上次刚瞎写了对前沿生化技术在临床诊断应用前景的议论,新华社就发布了一条新闻报道science最新一期上将要发表的这篇论文

  这种PMAGE (Polony Multiplex Analysis of Gene Expression) 方法大大提高了检测RNA转录的灵敏度,最好情况下可探测只有3个细胞参与的低水平转录信息。论文中用患肥厚型心肌病的小鼠进行试验,在心脏实际损坏病理 现象出现前,PMAGE已能检测到(作为病变前兆标志的)一些罕见的RNA转录。

  这和质谱蛋白质分析领域稍远,不像上次分析恐龙蛋白那篇直接涉及到俺的工作。不过你看,三个月内新华社居然发了两篇类似的通讯稿,内容都是介绍第二天要发表在新一期science上的论文。

杀手级应用在哪里?

  今天被这篇癌症诊断的论文吸引,看了一晚上。

  做科研的,尤其是一直在象牙塔里打转,为研究而研究的领域,最希望有朝一日能大量投入日常实用。以前提过,生物信息学如何摆脱阳春白雪呢,也得有靠近老百姓的应用。

  目前踅摸出来的比较热的点子,大概都是类似通过个人的基因来算祖先、算性格、算儿女的模式,比如刚刚获得Google投资的这家23andMe。这种娱乐性质的算命应用制造了不少科技八卦新闻,比如美国一个大学教授弄清了自己是成吉思汗的直系后代,身上的基因最早聚集于外高加索,又在几百年前移民英国,最终飘洋过海传播到新大陆;再比如中国学者拿来考古,搞清辽国后裔现位于云南,汉朝与匈奴战争中的“罗马军团”是阿富汗雇佣兵;非洲奇特的黄种人部落来源于郑和宝船上某些风流的水手;再好事一点的,跑去研究日本某反华政治家的老底,据说他的基因多半源于六百年前南宋灭亡时东渡的中国难民……

  这当然不够,要像IT一样成为决定性产业,就得在国计民生重大问题上帮上大忙。开头提到的论文,综述质谱技术在癌症临床诊断的应用前景。这项实际应用虽然还在“婴儿期”,但分量很重,又被大家看好,“原来这就是传说中的给你三颗痔,让你变成孙悟空的那个人”。就像论文中提到的,现有癌症诊断手段假阳性和假阴性相当高。我就有不止一个朋友曾验出癌症,吓得半死,再去复查,原来不是。这是假阳性,还好,也就是浪费钱浪费感情而已,假阴性就麻烦了,错过治疗癌症的最佳时期,到了晚期只好束手无策。

重新启动

  五月全力参加在职研究生全国考试,还有修改论文。

  下午,上传论文修改稿和回信,最后检查一遍,然后按submit。这下世界清净了。一个Major Revision拖了三个月,师兄帮忙一遍遍改,被俺折磨得奄奄一息。说起来惭愧,从开始写到现在,花了一年时间,这次提交的论文到了第27稿,感觉脑袋里的英文细胞都被这12页纸吸干了。

  有天在轻轨上看《经济观察报》,副刊里有篇“Google里的80后”的报道,林嘉澍写的。突然发现tj的名字,小半篇幅都在介绍他的事迹。马上给tj打电话,崇拜如滔滔江水。不过记者只是浅层次地描绘一个IT精英超酷的工作状态,却不能与读者分享这人实际的想法,了解他以往的尝试、选择和遗憾。在俺看来,真正原版“tj故事”要精彩得多了。