刚和瓶子对鉴定结果进行了检查，发了邮件，正在往SVN里check in。比原定deadline推迟了3天。
2.2版内核不仅在功能上有革命性的加强，还重构了遗留的山寨代码。这次迭代出的6号发车流程，在架构方面让我很满意。浩哥即将在此基础上，进一步演进开发下一代流程。
现在语无伦次中，心脏怦怦跳，骨头里都在冒泡。
这10天的双人编程是一次令人激动的经历。每晚22点我去赶末班地铁，大伙儿留下来继续煎熬。昨天他们折腾到接近1点，直到Boss H看着手表勒令所有人回去睡觉。提一下新人吴美女，一周多搞定两种谱图索引算法，消灭了整个11月的todo list，战斗力之强悍超出男生们的想象。
待会儿要和浩哥进行code review。先去饭饭。
刚刚参加了AKA的Linux kernel开发者大会，主要关心的是多核并行和oprofile性能分析。近期pFind内核优化开始深入，需要用些更专业的优化技巧了。
我在会上提了个问题：未来一段时间，多核和集群的性能瓶颈或编程难点在哪里？主讲人崔岩认为传统的系统总线在众核体系下已成为瓶颈。章峰老大补充说，他认为NUMA体系结构是方向。这种体系结构可以看作是多核和集群的混血杂交。按照Intel的Roadmap，到2013年家用电脑的CPU大约为256核。到时传统软硬件架构都要经受重大挑战。
顺便也听了其他讲座。重温内核领域的很多技术，感觉好像见到老朋友。一个小细节是，讲座幻灯用是一台装了ubuntu的龙芯笔记本。
回忆起大三时代，每周跑去听AKA的Linux系列技术讲座。有一讲的内容是阅读Linux kernel2.4的内存page管理部分，是在中关村附近一栋小破楼里讲的。当时四环没通，花了好多功夫摸过来。这次讲座激起了我阅读Linux内核的兴趣，可以说是“joyfire Linux笔记”的缘起吧。后来才知道这栋小楼就是计算所的老北楼。
顺便贴一张俺们pFind帮派的全家福。在计算所新楼的11层拍的。
8月8日近在咫尺。
旁白：软件行业的惯例，越接近deadline，越像恐怖片情节。《梦断代码》里提到一本叫The Limits of Software的回忆录，记录了美国航空管理局Advanced Automation System项目的悲惨过程。1500名IBM程序员，每天花掉政府百万美元。项目后期，巨大的压力带来严重的心理创伤，“没有人——哪怕作者——可以全身而退”。有人砸烂自己的汽车；有人疯掉；有人自杀；有个项目经理开始吃纸上瘾，项目拖后得越多，他在开会时嘴里的塞的纸就越多。该项目最终因为超出了技术和人力的极限而失败。
我还好，没吃纸，只是每晚三点钟才能睡着。7月份的Beta测试中，BugFree里共登录了75个Bug，目前还剩12个待修正，4个推迟到下一版；Todo List里还有8件事没做，包括3个技术报告，1个软件著作权申请；hp忙得脚朝天，对donkey和shark进行全面清理。
压力大，火气就大，总发恶狠狠的邮件：
| 最出色的工程师都会主动追求细节和完美，绝不会摆出一副“别来烦我”的死样子，给提意见帮忙完善产品的人施加压力。“不怕神一样的对手，就怕猪一样的队友”。谁让我闻出来，有不肯追求自己产品完美的味道，就滚出团队，别给我拉后腿。
8月8日正式发布，世界各地任何崩溃信息或使用疑问，都会转给软件负责人进行客户支持。如果软件本身问题一堆，人机交互界面设计得很垃圾，你就等着处理潮水一样的客户支持邮件吧。 |
发几张图，到了8月8日，大家就可以到官方站点上注册并申请免费下载最新版本的pFind Studio了。
欢迎大家访问pFind Studio官方站点，包括软件简介、用户手册、演示视频和发表论文。稍后会提供pFind 2.1版的注册和单机版下载。我的RCM论文也在网站上全文公开，欢迎多多引用
pFind 2.1颇有突破，接下来几天的blog，总结一下这半年的经验。今天先说第一条：建立风险识别和控制机制。
去年“软件开发2.0”大会，晚上参加胡百师主持的“项目管理”VIP沙龙，现场有不少项目经理和架构师，讨论话题很多。胡百师建议：“除了Todo List和Bug List，项目经理手里应该有一份Risk List。”
插话一下，那时正是pFind 2.0压力最大，进度拖延，BUG丛生的阶段。偷闲参加“软件开发2.0”大会，跳出来换换脑筋，从技术架构上，从项目管理上，从产品设计思路上，彻底反思了之前的工作。除了本篇BLOG讲的软件工程问题。再举个技术上的例子：听Baidu的前任总工程师的讲座，谈到一个检索加速的案例，他随口说了一句： “大家都能猜到，这是倒排索引的设计出了问题”……回到组里再听ly重构索引的ppt，意识到必要性，马上把这个Feature加入pFind 2.1的Road Map。
跑题了，回来接着说。4月pFind 2.1启动时，我在Google Doc建立项目手册，专门加上了“风险识别和对策”一章，列出各种想到的风险，按重要性进行排序，然后一一填上预防措施，还有最坏情况下的取舍方案，然后每周跟进。
可能项目启动那天是黄道吉日，最让人睡不着觉的几条，都没真正造成威胁。进度比预计顺利得多。还有一大堆惊喜。
俺的成功经历实在不多，尤其是这么完美的比赛过程，所以难免有些迷信。有些运动员总在关键比赛前换上同一双球鞋，俺也决定以后抱着“Risk List大法”不放手了
我猜我的合作伙伴可不喜欢这样，因为这次开发我可能根本没干正事，就是忙着扮演一个政委、牧师或居委会大妈，不停地骚扰大家：时刻在人家耳朵边上唠叨一些政治正确的废话，比如“复用接口上移，复用功能外抽”；逼着每个人修改变量名和类名，加空格和缩进；像个秃鹫一样在别人工位后面露出头：“嘿……没事……就是……那个……你的代码还没上传到SVN上呢”；每过两三天就发一次邮件，强调里程碑和Bug List；在别人最忙的紧要关头，要求双人编程和code review……
Joel on software说：“开发人员把不务正业的程序经理拿来当早餐吃掉”。老实说，绝对是因为ly、hchi、lqliu这帮家伙太神奇，折腾出好多变态的成果来（嗯，早就等着拉2.1出去吓人）。我这个所谓“产品经理”其实是蹭饭的角色（更喜欢临阵杀敌）。《最后期限》里说：“你可以不雇我，但一定要考虑一下我的团队，他们真的很棒”，Bingo。
按进度计划，我们会在7月1日发布pFind 2.1 Beta 2，同时pLabel、pBuild和pScan也各自发布新版。这是重要的里程碑。也许是我进入生物信息组3年以来，最重要的一个。每天都感觉在不断接近“把Mascot打得满地找牙”的理想。组里打算为上半年大规模工程开发圆满完成好好庆祝一番（庆祝的事情交给我筹备，可我现在一点心情都没有）。
未来10天，Todo list上还留着不少待处理事项，好多麻烦搞得人睡不好觉。感觉自己变得敏感易怒，刚刚还犯了一次偏头痛。
需要集中精力，把pFind 2.1发布搞到尽量完美。所以不得不停BLOG两周，不好意思。
那么我们7月5日再见。到时候我会邀请蛋白质组学方面的朋友试用pFind 2.1。
刚刚改进了pFind 2.0的N端可变修饰生成的递归部分的代码，发布2.0.003补丁。
五月份主要工作就是用pFind 2.0和pFind 2.1（流程2）进行大规模的伴随测试。经过对答案，两者都修正了不少BUG。pFind 2.1 Alpha 2估计会于下周一19日发布。我们会带着2.1去用户那里进行Beta测试，这比原计划提前了将近10天。
fy领导的pFind M版也有进展，M是面向未来的版本，已经实现了对ETD的支持，多母离子窗口等梦幻特性。马上就要展开M版和2.1版（流程1 ）伴随测试。
按照计划，6月发布pFind 2.1 Beta 1。到7月底，在至少两家生物实验室完成Beta测试，8月8日，正式发布pFind 2.1的final release，“奥运献礼版”。另外，pFind 2.2也会很快着手，预计在12月1日发布，这就是这么多年传说中的集群版。
最近压力很重，hchi昨天请病假，我还一直欠着pLabel和pScan的设计审阅和双人编程没空展开。不过也很有成就感，pFind 2.0陪着pFind 2.1跑了接近百万张质谱数据，每张谱、每个候选肽、每个打分、每个EV值……一直精确到小数点后五位，确保完全一样。有一次，18万张谱里只有1张不同，结果是1.000007对0.999998，但是hchi穷追猛打，一口气追下去，最终修正了一个很隐秘的BUG。
pFind 2.1 Alpha2 目前还没有界面，8万行C++代码；pFind 2.0经过大规模整理删除，11万行C++代码；正在彻底重写的pLabel 2万行C++；等待大规模重构的pBuild，2万5千行C++；pScan接近1万行C++。这些代码都是在将近18个月里完成的。
接下来这个夏天，拽着2.1怪兽出去吓人，把Mascot打得满地找牙。
憋了好久，今天出来吓人。刚刚抄送全组一封邮件：
| 各位：
pFind 2.1 Alpha 1版刚刚通过验收，代码上传至SVN。测试性能大大高于计划指标，我们在短短4周内创造了奇迹：
感谢hchi、leo和llq的努力和热情。这是一次接近完美的开发经历。祝大家假期愉快。 joyfire 2008.4.30 |
从上午的述职报告开始就不断有人问，哪些招数带来了如此明显的性能改进？其实都是纯粹的工程手段，而算法流程方面并没有应用激进的创新思路，基本沿用了pFind 2.0里的成熟方案。
MYSQL被SUN收购，以及在此之前JBoss被Redhat收购，这段时间太忙没顾上点评。不过，两年前俺已经写了这篇足够好玩的BLOG，评价企业级软件市场的春秋争霸。
提起这篇BLOG，俺又在考虑用孔子的学生们来命名pFind 2.1的各个模块，比如冒冒失失的“子路”和善于周旋的“子贡”。若有漫画高手帮忙创作几幅卡通肖像，就更有意思了。
hp已经给两台服务器起好名字了，一台叫Donkey，一台叫Shark。都是兄弟们喜欢的动画电影角色。
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前两天做了一次报告，总结pFind 2.0。花了很大功夫准备Google Docs幻灯，熬到凌晨3:00。
05年下半年，接手生物信息组工作，顶住干扰静下心着手工作。这一年的最后一天，首次跑通流程。
06年1月，对算法模块展开大规模测试，这只是之后漫长的重构、测试、再重构、再测试循环的序幕。（小插曲：BLOG里提到的那个缺根弦的家伙，是在纠缠我当时的女友，之后居然等在我加班回去的路上，拿电棍袭击我，反而被我打倒在地……现在想想，俺真是什么人生体验都没错过）测试结束时给全组发邮件，希望建立直接透明的工程氛围。
06年2月，着手M2版。虽然有心理准备，但之后事实证明，“第二赛季”还是比预想的要困难得多。
06年4月，搜索引擎核心完成最初调试，界面也很快做出来了，那时以为Alpha阶段能很快结束。接下来几个月，陷入反复修改和测试。除了各种BUG，涉及更多的是科研问题。亲身体验了“小数点后五位数据不精确导致性能大大降低”这种传说中的科学故事。那时pFind的鉴定效果着实好不到哪儿去。
06年12月pFind 2.0论文投稿，这十几页纸，真把这辈子的英语都写完了，最终发表在RCMS时，已经修改过32稿。
07年1月开始Beta测试，我扮演工兵。从用户那里回来，马上力排众议安排pBuild开发。在一线眼巴巴“护送”软件运行是件滴汗的事，但过后增加底气。现场值班逐渐成了日常工作。原来Mascot并非遥不可及，许下一个愿望。
07年8月，为解决系统在修饰问题上的缺陷，不得不展开大规模重构，但遇到挫折。不过现在看来，这是一笔财富，理清了思路。
07年9月，有机会投入生物一线的实际科研，这时候的pFind 2.0还不完善，遇到很多麻烦。差点迈不过这道坎，但最终fy大侠带领我们创造了奇迹。之后几个月，继续推进。这是一段激情时光。通过不断努力，再次重构后的系统性能获得成倍提高。
08年1月，滑单板时摔断了胳膊，打着石膏坚持去上海出差推广pFind。 南方雪灾，差点留在上海过年。到春节为止，组里申请了11项软件著作权。专利方面，获得第1项专利授权，还有4项等待授权，今年还有3项打算申请。商标也 在申请中，去年10月在人类蛋白质组会议以后，我们的域名遭到恶意抢注，经过戏剧性的争夺，我幸运地抢回了pfind.net这个重要URL。
08年4月，pFind 2.0 final Relese，同时pFind 2.1展开，还有3天，29日下午6:00，就是2.1 Alpha1版的deadline。计划8月8日推出“奥运献礼版”。
pFind 2.0历经3年终于完满，但可能没多久就会被更出色的2.1所取代。心情有些复杂。感谢所有的同事和朋友。
只要和fy搭档干活，俺心里就有底，传说中的英雄总能在关键时刻准时出现，拯救万民于水火之中。
不过两个人性格差好远。fy是个严谨过头的家伙；而我大大咧咧，过于乐天派。这次分领M版和C版，这种差别大伙都看出来了：
每次milestone，fy的总结都是“基本完成”；而我，恨不得在前一天晚上就把第二天的进度从todo list里划掉；
M版攻城掠地一日千里，Boss H发邮件祝贺，fy却愁眉苦脸Re回来：“没啥可贺的，真正的测试还没做，流程可不可行、有没有隐藏的bug，还是未知数……”；再看俺这边，尽管C版已经比计划慢了4天，还在邮件里自吹自擂呢：“在坚决不降低工程标准的前提下，俺们定能赶在deadline搞出一件恐怖的终极武器，以便证明哥几个就是传说中的天才程序员团队”。