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木瓜移动和生物信息

  大约两周前参加了42区的一次技术聚会。其中一个讲座是木瓜移动的软件工程师李春勇介绍papaya客户端的体系结构。原来就听说木瓜里面有好多清华计算机系的牛人(包括他们那个上《非诚勿扰》的美女CEO),技术实力果然很强悍。如果这个平台真能顺利达到实用,意味着第三方移动App开发者可以实现“一次编写,到处编译”,只用python开发和维护一套代码,就可以在iPhone和Android两边发布产品。

  如果想借助木瓜平台开发商业app,要和他们分账。我在报告后提问:木瓜是否支持公益性质的志愿计算项目,例如开发生物信息领域的标注游戏。李春勇表示有兴趣。在场大多数程序员估计没搞明白我说的“蛋白质折叠游戏”是什么意思。因此专门写这篇博客。

  在BLOG上介绍过志愿计算和蛋白质折叠算法。而通过游戏手段辅助科研,在第二人生的虚拟世界里也早有先例三月份Mozilla Drumbeat大会上听到过Foldit项目介绍,它把前两者很巧妙地结合起来。现有蛋白质折叠算法存在各种问题,因此华盛顿大学的计算机系和生物化学系的科学家们想利用人工辅助。他们联手开发了在线游戏Foldit,号召全世界的玩家参加。游戏内容是利用辅助工具搭建三维结构模型,游戏根据物理原理给搭建出来的结构模型打分。尽管参与的志愿者大多没有科学背景,但拥有良好空间推理能力的玩家依然可以逐渐找到窍门,搭建出越来越稳定的结构模型。

  最近,这个听起来有点不靠谱的尝试取得重大成果。上千志愿参加的游戏玩家在三周内构造出了一种重要的蛋白酶的三维结构(这种酶与艾滋病HIV病毒密切相关),其完美程度超过了此前十年里科学家们在超级计算机上算出的所有结果。这项工作刚刚发表在Nature Structural & Molecular Biology上。论文附录的贡献者名单中,游戏玩家们的名字赫然在列。

  说到这里,估计大家已经知道我想做什么了。Foldit的蛋白结构搭建游戏还是PC版的,可以把同类算法移植到iPhone和Android上去。如果木瓜愿意支持,也可以帮助他们的平台进行宣传。

关于志愿计算

  3月份,尤其是最后两周,开发‘哪吒’进度压力很大,每天回到家脑袋都木木的。关于上次提到的Mozilla Drumbeat大会,那天有个小花絮:23日和zf双人编程一整天,晚饭都没吃就听workshop,晚上10点钟才筋疲力竭地开车回家。因为疲惫所以车速放得很慢。恰好四环上发生了严重的十几辆车的追尾事故,我却因为开得慢,幸运地躲过去了。

  所以就一直没有在BLOG写,时间一拉长,印象就淡了,现在好像写不出有趣的文字了。不好意思。科学松鼠会刚发表了一篇《志愿计算:足不出户,窥探星辰》,值得推荐,大家不妨看看。

  我个人而言,感觉David Anderson 、Carl Christensen和Elizabeth Cochran的QCN项目(通过大量志愿者的笔记本收集地震波信号)最有趣。尽管普通笔记本电脑安装的廉价震动传感器比不上专业的地震仪器,而且数据里会有日常使用的噪音,但是架不住志愿者数量众多,通过合适的统计工具,就能得到很多有意义的工作成果。23日在北京workshop,他们只给出年初新西兰大地震的数据和分析成果。上网跟进搜索了一下,稍后在台北的Asia@Home workshop里就给出了这次日本地震的数据。

  很多人对报告当天最后一个提问者不满:那个人长篇大论提了很多未必高明的空泛观点,要求在研究成果中占有股份,还建议研究者们把帮助他们的志愿者电脑上的个人隐私信息卖给Google赚钱。且不说Google到底需不需要,会不会买,感觉这个年轻人对商业、法律、科研、公益似乎都缺乏常识,完全丧失了好奇心和想象力。这又让人联想起《非诚勿扰》里那位美国博士安田的事

中国Mozilla Drumbeat大会和志愿计算

  志愿计算是指利用公众空闲CPU时间进行科学计算的技术。以前在BLOG上号召大家参加中国科学院的CAS@home项目,运行在这个平台上的蛋白质结构预测算法是由我们计算所生物信息组卜东波老师等开发的。

  3月23日至25日,高能物理所、计算所与Mozilla联合举办中国Mozilla Drumbeat大会。其专家报告部分的主题就是志愿计算,邀请了包括David Anderson在内的众多牛人。David Anderson来自加州大学伯克利分校,是著名的寻找外星人计划SETI@home的负责人,目前最著名的志愿计算平台BOINC的创始者。

  而后还有两天的Hackfests(现场工作室),这部分比较有趣。将安排4-5名开发人员和2-3名科学家组成一个小组,你会在领域专家的指导下,为一组Hackfest挑战项目开发出原型代码。Hackfests招募正在进行,软件牛人们赶快来报名。当然,因为Hackfests的任务具有延续性,需要您尽量保证两天全程参与。将为志愿者提供免费的饮料和午餐,以及24日的晚宴。