木瓜移动和生物信息

  大约两周前参加了42区的一次技术聚会。其中一个讲座是木瓜移动的软件工程师李春勇介绍papaya客户端的体系结构。原来就听说木瓜里面有好多清华计算机系的牛人(包括他们那个上《非诚勿扰》的美女CEO),技术实力果然很强悍。如果这个平台真能顺利达到实用,意味着第三方移动App开发者可以实现“一次编写,到处编译”,只用python开发和维护一套代码,就可以在iPhone和Android两边发布产品。

  如果想借助木瓜平台开发商业app,要和他们分账。我在报告后提问:木瓜是否支持公益性质的志愿计算项目,例如开发生物信息领域的标注游戏。李春勇表示有兴趣。在场大多数程序员估计没搞明白我说的“蛋白质折叠游戏”是什么意思。因此专门写这篇博客。

  在BLOG上介绍过志愿计算和蛋白质折叠算法。而通过游戏手段辅助科研,在第二人生的虚拟世界里也早有先例三月份Mozilla Drumbeat大会上听到过Foldit项目介绍,它把前两者很巧妙地结合起来。现有蛋白质折叠算法存在各种问题,因此华盛顿大学的计算机系和生物化学系的科学家们想利用人工辅助。他们联手开发了在线游戏Foldit,号召全世界的玩家参加。游戏内容是利用辅助工具搭建三维结构模型,游戏根据物理原理给搭建出来的结构模型打分。尽管参与的志愿者大多没有科学背景,但拥有良好空间推理能力的玩家依然可以逐渐找到窍门,搭建出越来越稳定的结构模型。

  最近,这个听起来有点不靠谱的尝试取得重大成果。上千志愿参加的游戏玩家在三周内构造出了一种重要的蛋白酶的三维结构(这种酶与艾滋病HIV病毒密切相关),其完美程度超过了此前十年里科学家们在超级计算机上算出的所有结果。这项工作刚刚发表在Nature Structural & Molecular Biology上。论文附录的贡献者名单中,游戏玩家们的名字赫然在列。

  说到这里,估计大家已经知道我想做什么了。Foldit的蛋白结构搭建游戏还是PC版的,可以把同类算法移植到iPhone和Android上去。如果木瓜愿意支持,也可以帮助他们的平台进行宣传。

1 thought on “木瓜移动和生物信息

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