半夜1:30时xs发来新版pBuild。凌晨6:00时kzh和hchi哥发来新版pLabel。又经过今天反复折腾，晚上22:00，伟大的fan博庄严宣布：pFind Studio最后一个已知Bug测试通过。热泪盈眶中。
欢迎大家到pFind官方网站注册并下载软件。
这两天像炼狱。前天sun老大在首都机场T3起飞前还在测试。昆明转机时，俺还一个电话接一个电话。到了丽江古城，对旅馆外的风土人情毫无感觉，一头扎进房间打开笔记本，开始上网打电话……发了N多骂娘邮件，今天中午一度有点怀疑人生。多亏hfchen、fan博、hchi、kzh、xs诸位夜以继日，日以继夜的长工最终把事情做成了。
zhw说：第一次见面就说在对付bug，没想到了丽江这么山清水秀的地方，还是躲在黑屋里改bug。
明早大家一定要去听Boss H精彩的大会报告呀。英文标题很煽情：pFind made in China: past, present and future.另外sun老大也是报告专家之一。
最近我把pFind搜索引擎的并行版逐步由传统“单Master/多Slave”模式向多Master的机制重构，Master的模式很接近 MapReduce。这是为了提高千核CPU并行下的I/O效率。两周前又着手准备pFind Studio 2.4的发布。累坏了。上周六开始偏头痛，周一凌晨甚至从梦里疼醒过来，早上10点才爬起来。这几天脑袋一直晕晕的。硬扛。
经过周扒皮对长工们的剥削，pFind Studio 2.4的Bug逐渐消失。明天Release Candidate版，最后征集意见。
从昨天开始抓住瓶子双人编程，在集群跟同步异步消息反复纠结。今天下午结果终于对齐了。神清气爽，头也不晕了。晚上回来还停不下来，继续敲键盘重构代码。
（原来MPI也提供像MPI_Reduce这样的机制，和Hadoop比起来编程细节繁琐些，运行效率还不错，就是老土一点。）
最近一两年和人打交道比机器多，从Code里体会到的乐趣也没有高中时代写游戏、大学时代hack美女上网密码那么high了。不过我还是喜欢编程，还是为“软件工程师”的称号而骄傲。巴菲特说，只给那些每天跳着踢踏舞去上班的人投资。愿老天保佑俺们和俺们喜欢的工作吧。
刚收到RCM邮件，让我们确认最后排版proofs。这帮悲剧的编辑，又一次弄错，把别人的文章发给我了。俺发邮件过去问，回答说搞错了。总说有些中国科学家不靠谱，看来欧美的也未必能做到100%严谨。
这论文历程就是一部高潮迭起的悲喜剧呀。像《岁月神偷》里说的，一步难，一步佳。反正，不到最后平平安安公开发表，俺是睡不踏实了。
这几天都是很晚回家。加班很累。随便敲几句不知所云的。
推进每日构建（Daily Build）和持续集成（Continuous Integration），每天搞一点：建立Trace机制、替代ACE库、升级GCC、剥离SVN版本分支、实现自动check out/make/make install脚本、调研Unit Test框架、选定集成测试数据集……
人人都很忙，都有关键的deadline。你再逼大伙儿去执行看似傻乎乎的没有即时回报的软件工程，肯定有压力。只要自己动摇，事情就搞不成。
《道德经》说“以正治国，以奇用兵，以无事取天下”。所谓不可替代的核心竞争优势，大多是笨功夫积累出来的平台效应。没什么秘笈，较真而已。肯不肯躬身入局挺膺负责，死磕出一个好软件产品？想清楚了，心态放平和慢慢来，自会逐渐形成与众不同的气场。
终于收到编辑的邮件：
| It is a pleasure to accept your manuscript entitled “An efficient parallelization of phosphorylated peptide and protein identification” in its current form for publication in Rapid Communications in Mass Spectrometry. |
从08年10月开始编写pFind集群版，到如今论文发表，好长好累的一段路。这是我从最低潮逐渐挣扎出来的一年半。所以，尽管同样是反复修改30稿，同样是RCMS英文期刊，这次比07年那篇论文，份量重了好多。如今扛过来了，自信暴涨。编辑邮件说：“thanks for your patience
as we worked to improve the manuscript”；不太轻易表扬人的BOSS H邮件说：“值得钦佩。我欣赏目标高远之人”。尽管人家是客气，我照单全收，哈。
乌龟在兔子后面慢慢爬，感谢不离不弃的后援团。头一个就是老娘。向粉丝们报告一下老太太近况：1月1日飞去海南玩，上个月去上海看京剧（上火车当天上午，去UME看了IMAX《阿凡达》），本月在玩WII游戏，去钱柜唱K，参观城市雕塑展，到798看小剧场电影，最近忙着组织朋友去欧洲旅行（本来打算去非洲看动物大迁移，被胆小的儿子苦劝阻止），还刚去了中关村逛，准备买台新电脑（屋子里已经4台了）接到液晶电视上看高清Big Bang……
三月份很忙，又都是些琐碎应急的事，没太多可记。前几天参加了中科院超级计算中心的《基于GPU的并行计算及CUDA编程》培训。技术上的总结，稍后专门写BLOG。
没空逛书店。翻出一直束之高阁的《一六四零年英国革命史》和《书趣》开始读。有一晚特别疲惫紧张，失眠，到书架上找，发现买回来一直没动过的《书趣》，塑料薄膜还没剥掉呢。翻开第一篇《书的婚事》，陷进去读完，然后轻松地睡着了。下面这段，每次读都要笑出声来：
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乔治终于顺从了，但与其说是思想上接受，不如说是照顾婚姻的和谐。然而，一个要命的时刻来临了：他正在把我的莎士比亚转到另一个书架时，我喊了一声： “别忘了按年代放!” 他倒吸一口气：“你的意思是要每个作家内部也按年代摆放吗?可没人能肯定莎士比亚写剧本的时间!” 我吼道： “他写《罗密欧与朱丽叶》比写《暴风雨》的时间早，我要把这些也在书架上表现出来。” 乔治后来说，他很少郑重考虑离婚，这就是其中的一次。 |
一直想买本顾准的《希腊城邦制度》原版收藏，到处找不到。zhw同学说，这种绝版书淘宝上一定有，热心帮我搜索下订单。昨天书到了，果然是社会科学出版社1982年3月的版本，当年定价0.67元，年头久纸张微微发黄，但品相整洁。感谢政府，感谢党，感谢zhw，感谢淘宝，感谢伟大的长尾理论。
最早读这本书是初中时代。从老妈书架偷出来，提心吊胆地看了一段。当时只是感到内容很清新。现在重读感触更深。在1975年最黑暗的时代，还能做如此冷静、独立而深入的研读和思考，真是我辈的圭臬。有些话现在看还是很讽刺，例如几千年前亚里士多德的《政治学》对僭主的描述：
| 少数人统驭全邦所有与之同等或比他更有才德的人民，施政专以私利为尚，对人民的公益毫不顾惜，而且也没有任何人或机构可以限制权力……永不录用有自尊心和独立意志的人。 |
顾准难以接受亚里士多德的判断：“东方蛮族比希腊民族更富奴性，所以他们常常忍受专制而不敢起来抗争”。他进行了客观思考：
| 春秋战国时代，正当我国历史转变的关头，但是从殷商到西周、东周长期“神授君权”的传统，已经决定了唯有绝对专制主义才能完成中国的统一，才能继承发扬并传布中国文明，虽然这种专制主义使中国长期处于停滞不前，进展有限的状态之中，但这是历史，历史是没有什么可以后悔的。 |
刚登录到RCM网站提交了论文的第二次Revision。最终是第29稿，截图纪念。等编辑的最终决定。始终紧绷着，把身体搞垮了。瓶子也在纠结中挣扎。到今天算是告一段落，熬过去了。晚上吃西湖醋鱼，心情不错。回来路上突然有强烈的疲惫感，的确该放松放松了。
又回来补：原本周末有些私人安排，没想到明天还得面试人。哇哇哭。
明白三十岁是啥情况了：不会被轻易忽略，也不会被轻易优待，你就是主力、主流、主干……拥有儿童时代梦想的所谓“成人”的自由、地位和资源，但不再拥有借口。
必须上来写点，否则对不起订阅BLOG的读者了。
这周我们封闭开发，重构pFind引擎内核引入Trace机制。我预研了Log4cpp和ACE_TRACE的源码，还是决定自己动手实现底层机制，更贴近pFind系统的实际要求。
像pFind这样的复杂系统，不免有大量输出信息，有些是给用户看的，有些是程序员调试时用来追踪进度和现场情况的。传统做法，调试信息会被用宏开关控制，产品发布时被关掉，以免输出过于庞杂导致用户体验变差，但这又会增大事故现场诊断Bug的困难。要调和这对矛盾，就需要灵活的Trace机制，通过设 置参数实时控制输出，例如范围（指定的算法模块、线程或集群节点）、级别（过滤或保留debug信息）和目标（命令行输出或写入日志文件）。
这种基础设施涉及到整个系统，大部分模块都需要重构，工作量不小。在Win32下开发调试比较顺利，移植到曙光大机的64位Suse Linux时，出现了一些动态链接问题，调整了模块划分。（为了解决这个问题，去查阅俞甲子、石凡和潘爱民的《程序员的自我修养——链接、装载与库》，的确是好书。）
遇到了Gcc 3.4.5的这个Bug，编译STL总会出现大量Warning。从GNU Bugzilla上的讨论来看，Gcc 3.*系列的维护已经停止了，推荐升级到4.*系列。一直想升级pFind的默认编译器，但之前尝试时，ACE在Gcc 4.4(MinGW)下无法正常编译（刚刚搜索，貌似今年1月份刚刚有人把这个Bug解决掉了）。像陈硕这篇BLOG说的，ACE很值得学习借鉴，但代码臃肿，有很多使用问题。
在重构后期，大家已经开始利用Trace本身进行调试。“吃自己的狗食”是个好现象。
建立Trace机制、升级Gcc消除Warning，都是为单元测试（Unit Test）和持续集成（Continuous Integration）做准备。自动化测试是我今年的重点目标。衡量一个团队有多精锐，不在于统计技术牛人的个数，而要看它是否拥有超出平均水平的制度 平台。我发现凡是不用版本管理（SVN、CVS或VSS均可）的软件开发组都很烂，甭管团队里有多少能工巧匠。前瞻研究实验室年度汇报，听到浩哥讲Godson-T的开发，他们就构建了很强大的自动化测试平台，让人不服不行。
还在考虑为pFind引擎构建“黑盒子”机制，把一段时间内的系统实时状态都记录下来，用以重现事故现场。云风做过类似的设计。不过这样一来，如何保证运行效率就成了关键问题。
这周很累，但有成就感。接下来折腾RCMS论文，19日deadline。大家的批改纷纷返回，多谢，汇总中。
没按承诺写BLOG总结新人工程的培训经验，忏悔，稍等几天。
论文Revision终于收到邮件，继续Major Revision，编辑和评审人都说俺英语烂，开始第23稿。
我和hchi都没顾上申请专利，他要赶在去美国做报告之前，而我要赶在论文正式发表之前。
昨天早上家里马桶堵了，杀到建材市场买到高科技的真空搋子，搞定，然后奔到单位上班。
像WII里拿着马桶搋子的雷曼兔子（Rayman Raving Rabbids），疯狂忙碌中。
今天来单位上班。同事和研究生们大多还没回来，所以办公室显得很清静。踏下心来处理一些琐事，收心，找状态。午饭之前上来记录几笔。
平心静气，开始干活了。
BTW 1：纽约时报刚发的这篇新闻忒雷人。
BTW 2：昨天看电视，韩乔生和英达搭档解说冬奥会冰球比赛，太好玩了。