花了一周时间，每天看一点，总算把《从安排角度看经济缺环》已发表的前九部分看完了。张五常的blog从6月7日开始连载，这个系列又是对5月24日的《经济学的缺环》的延伸和细化，大概因为后者比较专业，老爷子害怕网上的非经济学专业的年轻人看不懂，所以铺开来仔细解释来龙去脉。blog上特别提醒：“转述张五常教授的话如下：从今天起登载的这一系列文章（逢星期四发布）是张五常教授25年来最重要的学术文章！”。
这周每天干活到临晨一两点，张五常的文章都是干完后才看，很多比较复杂的地方琢磨好几遍，过瘾。今天加班回来的路上从光合作用买了吴晓波的《大败局》和《大败局II》。
BTW：组里正在大动干戈跑试验，昨天hp发现有组参数出了错，责任在我，导致好几个人一周的工作全都白费了。需要反省，尽管累，不能降低责任心和工作热情。
昨晚又写代码到两点，所以今天工作情绪不高。忙到十点回来，查全国考试成绩，过了，松口气。房子呀、论文呀、工资呀、学位呀，折腾不过来。同志们把有限的生命投入到无限的对“财务自由”的追求当中去。
说到追求，要恭喜一下softboy。金点工作组几个四川牛人在他们大学时代推出开源游戏《圣剑英雄传》时，俺就是粉丝。喜欢从他们的站点down代码下来瞎改；又在我的joyfire.net加 上友情链接以示崇拜；还和softboy通过几次邮件，提交发现的BUG。当时游戏产业在最低谷，《电脑报》专访softboy，是这么悲情描述的：“国产游戏不景气的现在，金点工作组依然立志为国产游戏，也是为了自己的梦想而奋斗……”。这几年逐渐关注得越来越少了，前两天突然看到消息：盛大上千万美元收购成都锦天科技。阿弥佗佛，为理想坚持了这么多年，看来上帝还是公平的。
因为小脑和手指的运动神经反应慢，我不太热衷玩游戏，但认识不少从事游戏产业的朋友，他们大多有超常的热情和执着，这一定是这个领域出现那么多技术天才的原因之一。
7月的里程碑，pFind被拆开来整个重写，计划20日开始大规模测试，拖到今天还没写完。其实大伙进度不错，唯独我负责的搜索引擎内核陷入泥 潭，搞得压力很大。上周有一次，不知不觉干到很晚，从书房出来找吃的才发现天都亮了，6点了。因为偏头痛的毛病，我很少熬夜，这是近三年唯一一次。（熬夜不好，第二天效率大大下降，平均效果其实对不起薪水。说到效率，算过组里的工作量，表面上没有区别的人，开发质量居然相差7倍之多。质量包括正确性、速度 和灵活性三方面，笨蛋往往拿其中一两个因素当借口，放弃剩下的要求）。
前天过生日，正赶上RCM编辑把论文排版发过来，做最后修订，第30稿。虽然这么来来回回改了一年多，编辑随便看看还是指出一堆错 误，wuwu~。最近国内生物科研势头很强，这一期Nature Immuno上同时发表了两篇上海生科院的论文，都没有与国外合作。NIBS今年已两篇Science发表，两篇Science、一篇Nature接收， 还有两三篇CNS在投。
以前听过个笑话：一个人去算命，算命先生说：“三十岁之前，运气是背到家了，痛苦啊，但是一熬过三十岁……”，那人精神一振，就听先生接着说：“你就习惯了”。
收到礼物，很合心意的音乐手机，高兴。
订阅的feed看起来有趣的不多，推荐g9的这篇《双陆棋被搞定了》 。
看了一整天《聊斋志异》，没想到是这么度过24点的。最近又看了几本书，一直懒懒散散没上来记。
刚出版的《梦断代码》和《The Best Software Writing I》都是讲程序员文化的，简直把软件行业的大事小情都说遍了，后者甚至还有一篇，专门比较程序员与销售人员的区别，讨论两者如何合作。
有天半夜2点醒来，烦躁不安，翻书架，找到上次老妈买的《挪威的森林》，看到天亮一口气全读完，一点都不觉得困。村上春树的文字简直是魔法。
| “春天的原野里，你一个人正走着，对面走来一只可爱的小熊，浑身的毛活像天鹅绒，眼睛圆鼓鼓的。它这么对你说道：‘你好，和我一块儿打滚玩好么？’接着，你就和小熊抱在一起，顺着长满三叶草的山坡咕噜咕噜滚下去，整整一大天。你说棒不棒？” |
就因为村上春树在《挪威的森林》里借主人公的话说，自己最喜欢《了不起的盖茨比》，我就也想找来看。记得老妈有，她说没带到北京，于是又到中关村图书大厦买了一本。
十号线开了，下班只需要5分钟就能坐上，估计以后去“光合作用”就少了。海淀图书城、中关村图书大厦、单向街、第三极、还有这个光合作用，每一家书店都是这样，我刚混熟，弄到会员打折卡了，就让什么事情逐渐拉开来。
又是一年，今天还和往年一样，但是这一年却刻骨铭心与众不同。H老板不时骂我一顿，直指我的懒惰、疏失和狂妄。老妈说，能碰到这样的领导和团队，是你的运气好。我也知道这半年狂躁疲惫，一点状态都没有，只能算强撑着不崩溃而已。周围体谅体谅再体谅，总这样下去，变成提起来一条放下一团的废物，对别人不公平。
8月8日就要到了，每天发邮件：“兄弟们离放假还有XX个BUG”。
最近是项目最关键的里程碑，代码结构大改，压力大，心情不好，常在临睡前翻《红楼梦》。
曹雪芹下笔很毒，开头陷在细枝末节里，等突然明白过来，顿觉惊心。
比如凤姐过生日那一回，大段笔墨写凑份子请戏班，宝玉却一大早一身素白骑马出去，跑到荒郊野外，连贴身小斯都晕：“我茗烟跟二爷这几年，二爷的心事，我没有不知道的，只有今儿这一祭祀没有告诉我，我也不敢问……”
回来谎称去北静王府吊唁。到底折腾什么呢？贾府上上下下不知道，读者也糊涂。唯独有人清楚：
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林黛玉因看到《男祭》这一出上，便和宝钗说道：“这王十朋也不通的很，不管在那里祭一祭罢了，必定跑到江边子上来作什么！俗语说，‘睹物思人’，天下的水总归一源，不拘那里的水舀一碗看着哭去，也就尽情了。” |
淡淡一笔，后面又接上凤姐的事。以往没心肺，糊里糊涂就往下看了。这次前后翻了半天，原来祭的是金钏，金钏是因宝玉投井而死，宝玉也为这被打得稀烂。虽然那么大一件事，到这时人都已经忘了。
黛玉几句玩笑点破。反应只是干巴巴一句：“宝玉回头要热酒敬凤姐儿。”，借故掩饰。
读到这儿就明白：脾气那么大，说话刻薄，又是病秧子，没宝钗性感，却为何非她不可。
出丑了，没想到是用这么搞笑的方式得到好消息的。
其实上周的邮件就通知论文被接收了的。编辑在一开头就写acceptable，后面一大段教训我：插图太烂，必须改进。俺的烂英文，居然愣是只看懂了后半截，没弄明白重点。
被photoshop痛苦折腾了一周，今天给编辑回信，fy大虾过来帮忙纠正俺邮件里的低级错误：“你和人家不熟，只要称呼姓就可以了，如果是熟人才叫名字……我看看他写了什么……啊，这里不是说论文已经被接收了吗？笨蛋啊！”
没有最笨，只有更笨。传说中的菜鸟，就是这样的。
鞠躬，实在要感谢大伙的帮助。首次投论文，折磨一年多，有篇英文期刊的收获，也算满意了。
BTW：前两天06年的SCI影响因子发布，几乎都降了，我投的期刊降到了2.680。
发烧、流鼻血、看急诊、打针、吃药、请假…… 两个星期没写BLOG了，上来列点流水帐，免得以为我去火星了。
搬家，好容易搬过去了，发现无数细节问题，地板鼓起来了、热水器排暖管把玻璃烫裂了、空调装歪了噪音很大……被俺一一摆平。此外，去时代金源买了餐桌和茶几，还换了铝制暖气管。
编辑又来信，说插图的DPI不符合Wiley出版社的标准。只好开始跟photoshop死磕。自我安慰，挑插图的毛病说明论文有望被接收吧。
前两天维基百科英文可以访问，在里面添上了pFind和KSDP的词条，现在又上不去了。
pFind评价算法中的EV计算依赖于参加鉴定的候选肽的个数，太少的话无法拟合分布计算概率。在搜索引擎里加了个内差，现在不仅在LTQ、LCQ和QTOF上，在高精度的FT和Orbitrap上鉴定效果也不错。
上次刚瞎写了对前沿生化技术在临床诊断应用前景的议论，新华社就发布了一条新闻，报道science最新一期上将要发表的这篇论文。
这种PMAGE (Polony Multiplex Analysis of Gene Expression) 方法大大提高了检测RNA转录的灵敏度，最好情况下可探测只有3个细胞参与的低水平转录信息。论文中用患肥厚型心肌病的小鼠进行试验，在心脏实际损坏病理 现象出现前，PMAGE已能检测到（作为病变前兆标志的）一些罕见的RNA转录。
这和质谱蛋白质分析领域稍远，不像上次分析恐龙蛋白那篇直接涉及到俺的工作。不过你看，三个月内新华社居然发了两篇类似的通讯稿，内容都是介绍第二天要发表在新一期science上的论文。
今天被这篇癌症诊断的论文吸引，看了一晚上。
做科研的，尤其是一直在象牙塔里打转，为研究而研究的领域，最希望有朝一日能大量投入日常实用。以前提过，生物信息学如何摆脱阳春白雪呢，也得有靠近老百姓的应用。
目前踅摸出来的比较热的点子，大概都是类似通过个人的基因来算祖先、算性格、算儿女的模式，比如刚刚获得Google投资的这家23andMe。这种娱乐性质的算命应用制造了不少科技八卦新闻，比如美国一个大学教授弄清了自己是成吉思汗的直系后代，身上的基因最早聚集于外高加索，又在几百年前移民英国，最终飘洋过海传播到新大陆；再比如中国学者拿来考古，搞清辽国后裔现位于云南，汉朝与匈奴战争中的“罗马军团”是阿富汗雇佣兵；非洲奇特的黄种人部落来源于郑和宝船上某些风流的水手；再好事一点的，跑去研究日本某反华政治家的老底，据说他的基因多半源于六百年前南宋灭亡时东渡的中国难民……
这当然不够，要像IT一样成为决定性产业，就得在国计民生重大问题上帮上大忙。开头提到的论文，综述质谱技术在癌症临床诊断的应用前景。这项实际应用虽然还在“婴儿期”，但分量很重，又被大家看好，“原来这就是传说中的给你三颗痔，让你变成孙悟空的那个人”。就像论文中提到的，现有癌症诊断手段假阳性和假阴性相当高。我就有不止一个朋友曾验出癌症，吓得半死，再去复查，原来不是。这是假阳性，还好，也就是浪费钱浪费感情而已，假阴性就麻烦了，错过治疗癌症的最佳时期，到了晚期只好束手无策。
五月全力参加在职研究生全国考试，还有修改论文。
下午，上传论文修改稿和回信，最后检查一遍，然后按submit。这下世界清净了。一个Major Revision拖了三个月，师兄帮忙一遍遍改，被俺折磨得奄奄一息。说起来惭愧，从开始写到现在，花了一年时间，这次提交的论文到了第27稿，感觉脑袋里的英文细胞都被这12页纸吸干了。
有天在轻轨上看《经济观察报》，副刊里有篇“Google里的80后”的报道，林嘉澍写的。突然发现tj的名字，小半篇幅都在介绍他的事迹。马上给tj打电话，崇拜如滔滔江水。不过记者只是浅层次地描绘一个IT精英超酷的工作状态，却不能与读者分享这人实际的想法，了解他以往的尝试、选择和遗憾。在俺看来，真正原版“tj故事”要精彩得多了。