前些天fy踅摸出肽序列实验质量公式。代入第一同位素的原子量，结果与Mascot一致。但是对于元素平均值，则出现了0.01左右的差别。
平均计算的精度相对较低，其实不用来来回回加氢原子减质子这么折腾。所以我怀疑Mascot对公式进行了简化。大伙试了几次，最后用最老实的办法，MH直接减掉氢的平均原子量，搞定。
且慢，fy大虾又发现Mascot使用Unimod database的修饰数据，也许和我们的数据不同？对比中……
质量精度
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M和水蜜桃
最近都加班到很晚，不过进度满意。
共享内存索引服务的BUG被彻底清除后，周六着手移植到新版SDK，周日搞定，开始跑测试。对比结果，我发现Mascot做蛋白质酶切时，会先除掉N端的M（甲酰蛋氨酸）。组长很快查到了这操作的理论依据。今天我在pFind里也加上了对应的处理代码。再运行测试数据，鉴定率又有提高。
刚才在路上买了两个大水蜜桃犒劳自己。连续十几个小时对着屏幕了。吃完桃洗澡睡觉。
确定BUG位置
前些天着急上火，因为pFind的肽序列质量误差过大的BUG总也排除不了。今天总算逮住了。导致质量计算不准的是数据索引模块，而且仅仅是修饰的索引才出现BUG。老版本遗留问题。真折腾。同时松口气，BUG定位后就好改了。
有关质量误差的其他细节今天也都改完了。不由高兴起来，明天去实验室加班。昨天会上好大压力。阿弥陀佛，我得把《最后期限》再看一遍。
上周开始重新浏览Distributed Programming with Ice，目前在精读The Ice Run Time in Detail一章。刚写了个HelloWord代码。上网一看，ICE 3.1.0又发布了，乖乖，好快的推出速度。
ACE和ICE
为pFind集群版本的开发做准备，技术调研。
买了本The ACE Programmer’s Guide: Practical Design Patterns for Network and Systems Programming中文版。Google到Distributed Programming with Ice中文电子版。两本书都是马维达翻译的。翻箱倒柜，找到2004年9月的《程序员》，有ICE的系列专题。
另外看了看SWT的文档。pFind会向Linux移植。
FDR
前几天都在用蛋白反转库测试pFind的FDR。征用了N台服务器和PC，成天咕噜咕噜跑，CPU100%，其他啥也干不了。
喝完同学的喜酒，去实验室看假阳性实验的进展，果然跑完了。拷回来分析，和对手不分上下。这次pFind打分算法没加误差模型。刚好碰上fy，帮我把误差参数训练出来，又开始跑。估计5月4日能出结果，希望效果更好一点。
里程碑：pFind Local Search界面初步完成
pFind系统的用户界面部分，还有不少工作要做。
pFind引擎核心搞定了
静下心来搞pFind蛋白质质谱鉴定系统的引擎核心。今天终于搞定了所有问题。版本冻结。
春节回来，进展如下：
- 约束组里用版本管理服务器交流代码；review，写注释
- 修正内存泄露bug；修正离子误差计算bug；修正默认评价算法bug
- 评价模块添加一种新算法
- 重构体系结构，用工厂类集中管理各个算法模块
- 添加算法调试流程
- 添加性能测试流程；对Intel编译器进行性能对比测试，相对VC7.1提高9%以上
- 对外交流，初步形成集群版本的规划
这周末，check in第一个里程碑版本。
周末比平时忙
害怕周末，比平时紧张。
周五晚上写代码到2点，周六上午上在职研究生英语课迟到，老师问我why，我说cold，他说我不诚实。一整天上课都没状态，最后的小测验成绩可想而知。晚上回来又写代码到半夜，然后整理“每周收藏”。今天又为二手房的事疯狂跑。累。
blog上好久不谈技术了。上周打算读的书也只看了几章，的确好玩，等有精力再写吧。
持续重构pFind搜索引擎，搞定了遗留的BUG，添加了“算法调试”和“性能测试”两个流程。有了单元测试保护，这过程是种享受。三月底发布里程碑版本。
接下来又要折腾论文的事情。
C++和集群系统
现代C++的发展方向让人困惑：泛型技术的确很酷，却妨碍了模块的动态链接。没有Java Bean这样的标准组件模型可能算是C++语言最让人头疼的地方，程序员被各种编译器和操作系统的细节淹没。
大型系统里，C++到底负责哪些部分更合适？时髦的体系结构是这样的：用C++实现library层，用Java甚至更华丽的动态语言实现业务层和界面层。看起来很美，比如Eclipse和SWT。
串联质谱鉴定系统搜索引擎pFind以外的模块如何组织？一直拿不定主意。
上周去合作单位，实际操作同类的国外工业级产品，集群系统的体系结构给我留下了深刻印象：由C++实现各种独立的后台服务，无论命令行、Java GUI界面、分布式网络协议或Web界面方式，都能操作这些服务进程。的确是简明漂亮的方式。
好的解决方案往往都很简单。比如集群节点间的通讯服务，其实只需相互交换简单的消息，再利用NETBIOS或NFS共享具体数据就行了。
测试进度
昨天是测试第一天，整天都在忙着组织：配置测试平台、上传测试用质谱、挑选蛋白质数据库索引、解决平台差异、帮助不熟悉自动化测试工具的同事编写脚本、定位缺陷、修订测试案例、添加单元测试代码、发布补丁、汇总进度……直到晚上20:00才搞完。
回去路上又碰到个神神叨叨的讨厌的家伙，只好从轻轨下来直接打出租车摆脱他，到家直接上床呼了，没开电脑写BLOG。（2011年博客搬家时补：这个跟踪的家伙是我的情敌，真是二，后来居然在晚上加班回家路上用电棍袭击我，被打翻在地上揍一顿就老实了。当时我们也很害怕，差点报警。现在想想2006是有趣的一年，还真遇到过不少稀奇古怪的事）
美美睡一觉就舒服多了。今天组里的测试工作很顺利。虽然下午有会，还是追上了进度计划。目前共完成测试用例204个，累计报告7个问题，汇总出3个BUG，已修复1个，完成总工作量的21.9%。我自己也一口气测了40个测试用例，位列排行榜第二。
明天可能有更多空闲调BUG，希望18日的milestone有个好心情去滑雪
