去马尔代夫前一天，到光合作用买了奥利弗·萨克斯的《错把妻子当帽子》、艾丽丝·门罗的《逃离》、卡普钦斯基的《与希罗多德一起旅行》以及春树的《光年》。
回到北京后，又从中关村图书大厦买了佩措尔德的《编码》，Andrew Stellman等人的《团队之美》、Till Adam等人的《架构之美》、冯·诺意曼的《计算机与人脑》、朱光潜的《谈修养》。
列书单.2010.7.1
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马尔代夫
断网断电话一段时间，还有pFind的千核并行进展
从明天开始，我在一段时间内无法上网，也无法接听电话。
顺便说说pFind Studio进展。最近hf和xs在全力完善pBuild 2.0。稍后我们会向全球用户群发邮件，邀请大家试用最新版本。另外，于上个月在深腾7000超级计算机上刚完成的实验中，pFind千核并行取得了满意的加速比。瓶子哥正在拼搏（站好最后一班岗），在2048核处理器规模下试验更大规模的数据。
俺们算初步解决了多修饰海量谱图的高效并行加速问题。用户可以选定15种之多的修饰，或者把母离子误差开到500Da之大，pFind百核集群都能在常规时间内完成搜索鉴定。而现有的公开报道中，世界上其他竞争对手超过32核加速效率就会变差。大言不惭地说，俺们在并行加速方面获得领先。
但仅考虑海量谱图是不够的，如果面对超常的巨型蛋白质序列库（例如直接搜索人类基因组数据，或这两年很热的用恐龙化石中提取的蛋白质搜索全生物库的需求），主流搜素引擎目前还都无法做到有效并行。仔细分析可知，这种情况下搜索引擎的运算特点就从以计算密集型为主，转为计算密集型和I/O密集型兼有，接近Web搜索引擎。也就是说，Google MapReduce那一套有用武之地了。
我在kanrss上的帐号是@joyfire
我结婚了
BLOG是一种广播式媒体，最好发表对别人有意义的独立内容。一般情况下，我更喜欢在BLOG角落里用春秋笔法藏些私人生活方面的蛛丝马迹。不过结婚这件事，还是别玩弯弯绕，向朋友们公开交代比较好。
2月17日在摇晃的地铁车厢里求婚的时候，还有挑选婚戒规划婚事的时候，俺就知道5月份会过得很艰难。得全力以赴赶上工作生活中的各种deadline。昨天领完结婚证，还以为纠结的5月终于可以画上一个比较圆满的句号了，结果……今天一早出门去丈母娘家，事情还没完呢。
幸运的是，俺能找到zhw这样一个合适的爱人。根据英国人的科研论文，概率是二十八万五千分之一！
我们计划下月去马尔代夫蜜月旅行。
感谢每个帮助、宽容我的亲友。特别感谢Queen美女在胜负未分时提供的关键火力支援，她帮我挑选的香水礼物是名副其实的杀手锏。
列书单.2010.5.28
最近很多行政上的繁琐手续，有点累。前两天在光合作用买了几本书。包括村上春树的《1Q84》、格雷尔·马库斯《老美国志异》。上次买的《奇鸟行状录》还没读完，结果先把《1Q84》一口气读完了。我发现年纪越大，村上春树的故事就越有战斗性。之前刚买的翁贝托·埃科的《玫瑰的名字》也一点一点在看，还没看到最精彩的部分。
pFind集群的论文正式发表
俺和瓶子的pFind集群论文：An efficient parallelization of phosphorylated peptide and protein identification已在英文期刊RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY (2.772)正式发表。
论文主要论述了我们在并行加速方面的研究。实验表明：pFind搜索引擎对一个含有100个Raw文件的磷酸化公共数据集进行鉴定，在100个处理器核 上，加速比为83.7；对另一个更大的、共含有1,366,471张质谱的磷酸化数据进行鉴定，在320个核上，加速比为258.9，加速效率达到 80.9%。
目前pFind并行版已经投入一线分析实用。俺们正在千核条件下继续研发。
回到北京了，上来敲几句闲话
在玉龙雪山没遇到问题。中午吃到放N种蘑菇的火锅。
飞机接近北京时，地面上已经是点点灯火。降落前看到了东三环央视大裤衩。
这下又一个milestone搞定了。继续拼命。急着赶回来就是为了明天上班，现在赶紧睡觉去。晚安。
丽江流水帐
昨天上午Boss H和Sun老大的报告，那是相当成功。顿时走到哪里都听到pFind。有刚购买Mascot的用户悲叹现在才听说pFind；很多场合都有人要求我们举办培训；还有软件分销公司来找Boss H交换名片，希望代理销售pFind Studio。
昨晚973会开到零点。此前，Boss H修改PPT连续两天熬夜到3:00；而Sun老大试用pFind到深夜，凌晨2:00又起来继续改PPT……我还以为他们过分勤奋。结果昨晚一听，老板们各个都不是吃素的：白天在大会上生龙活虎，晚上还克服2000米的高原反应通宵修改973材料。这帮科学家真的都是铁人，我服了。
今天，在茶马古道骑马，在拉市海划船，在束河古城的长廊里发了四十分钟呆，在一个叫“第八号火柴盒”的小店里和美女店主一起喝普洱茶。休闲真是好奢侈。（回来一收邮件，又是一脑门子事）。
幸运找到了蹭团机会，明天去玉龙雪山。刚刚和老妈通电话，她说“几年前我去玉龙雪山玩的时候，一个多小时就爬上去了，哪里有什么高原反应”。这个，如果我爬不上去就要丢脸了。
pFind Studio 2.4开始下载了!
半夜1:30时xs发来新版pBuild。凌晨6:00时kzh和hchi哥发来新版pLabel。又经过今天反复折腾，晚上22:00，伟大的fan博庄严宣布：pFind Studio最后一个已知Bug测试通过。热泪盈眶中。
欢迎大家到pFind官方网站注册并下载软件。
这两天像炼狱。前天sun老大在首都机场T3起飞前还在测试。昆明转机时，俺还一个电话接一个电话。到了丽江古城，对旅馆外的风土人情毫无感觉，一头扎进房间打开笔记本，开始上网打电话……发了N多骂娘邮件，今天中午一度有点怀疑人生。多亏hfchen、fan博、hchi、kzh、xs诸位夜以继日，日以继夜的长工最终把事情做成了。
zhw说：第一次见面就说在对付bug，没想到了丽江这么山清水秀的地方，还是躲在黑屋里改bug。
明早大家一定要去听Boss H精彩的大会报告呀。英文标题很煽情：pFind made in China: past, present and future.另外sun老大也是报告专家之一。