断网断电话一段时间,还有pFind的千核并行进展

  从明天开始,我在一段时间内无法上网,也无法接听电话。

  顺便说说pFind Studio进展。最近hf和xs在全力完善pBuild 2.0。稍后我们会向全球用户群发邮件,邀请大家试用最新版本。另外,于上个月在深腾7000超级计算机上刚完成的实验中,pFind千核并行取得了满意的加速比。瓶子哥正在拼搏(站好最后一班岗),在2048核处理器规模下试验更大规模的数据。

  俺们算初步解决了多修饰海量谱图的高效并行加速问题。用户可以选定15种之多的修饰,或者把母离子误差开到500Da之大,pFind百核集群都能在常规时间内完成搜索鉴定。而现有的公开报道中,世界上其他竞争对手超过32核加速效率就会变差。大言不惭地说,俺们在并行加速方面获得领先。

  但仅考虑海量谱图是不够的,如果面对超常的巨型蛋白质序列库(例如直接搜索人类基因组数据,或这两年很热的用恐龙化石中提取的蛋白质搜索全生物库的需求),主流搜素引擎目前还都无法做到有效并行。仔细分析可知,这种情况下搜索引擎的运算特点就从以计算密集型为主,转为计算密集型和I/O密集型兼有,接近Web搜索引擎。也就是说,Google MapReduce那一套有用武之地了。

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