第一次现场测试

  下午email了这次的用户测试报告,任务算全搞定了。明天把服务器运回去。

  随着样品逐渐复杂,不断增加难度:先鉴定牛血清标准蛋白样品;接着是6种不同的哺乳动物标准蛋白的混合样品;然后开始测试实际实验样品,鉴定含有几十种人类细胞蛋白的质谱数据;第四天进入深水区,开始鉴定含有超过三百种蛋白的样品……

  pFind和竞争对手Mascot一起跑,请生物学家对结果进行分析对比,必要时打开原始谱图人工判断匹配的正确性。和商业化的产品比,我们显然还很粗糙。中间崩溃过一次,只好停下来找BUG;易用性和结果呈现受到批评。战战兢兢,但不管怎么说,生物学家对搜索结果本身比较满意,核心算法得到了承认。第一次现场实验,还算说得过去吧。

  记录两个小花絮:

  跑牛血清标准蛋白数据,用Human库做背景。搜出来的结果居然包括很多的人类蛋白,郁闷。得到解释说,这些大都是角蛋白(人的皮肤和头发),还有汗液里的抗菌成分,是从实验者身上或空气浮尘土带来的污染,很难避免。

  后两个实验用的样品是大名鼎鼎的HeLa细胞,就是那个传说中不死的女人。

1 thought on “第一次现场测试

  1. Pingback: joyfire 王乐珩 » pFind 2.0历程

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