谈谈ODPS商业化(五):华大基因在ODPS上做的试验

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  由于我正在着手做生物信息云计算方面的工作,很多信息不方便透露,这篇会很短。有兴趣的同学请找我线下交流。不过在阿里云上做基因测序创新的同学们不必担心,阿里云没有野心、也没有能力成为一个提供完整基因测序计算服务的公司。相反,ODPS等等产品一定是做底层通用平台该做的事,帮助生物信息应用上云更方便,和创业者们一起成长。

  回来开始说华大基因在ODPS做的试验。以前写过一篇博客提到过这件事。

  将基因测序仪输出的上亿条DNA片段拼接为基因组长序列,这个过程可以看作在一个超大规模的拓扑图上寻找欧拉路径。人类基因组包含30亿个碱基,目前基因测序一般会做30倍到50倍的扩增。利用典型的单机组装软件至少需要256GB的内存才可能完成基因组装,时间长达数天。

  ODPS Graph Task是面向迭代的拓扑图算法处理框架,提供类似Google Pregel的BSP并行编程模型。正适合支持一些超大规模拓扑图算法。

  去年10月5K项目测试期间,华大基因的生物信息专家基于ODPS Graph Task开发了一套基因拼接算法,在E.coli(大肠杆菌)、Bombus(熊蜂)和Yanhuang(人类)三个物种的测试集上均取得了非常高的加速比。

  此前一直关注Google在生物信息领域重兵投入。自从Google Genomics API推出,形势就更加明确了。另外一边,据称亚马逊AWS美国有1/4的客户来源于生物制药行业。生物信息显然是云计算的重要业务增长方向。随着全球第一张基因测序临床牌照的颁发,已经可以看到国内大量围绕基因测序的创业项目起来了。目前ODPS团队正在和多个生物信息领域的合作伙伴一起努力,把各种生物信息经典算法和数据处理流程搬到云上来。如果你正在做这方面的产品、创业,欢迎和我联系,阿里云会尽可能提供关键帮助。

  另外我刚刚在知乎和知因同时发起了问题:生物信息还需要云计算提供什么样的功能?生物信息应用上云,你碰到了哪些问题?现有的阿里云、亚马逊AWS云计算基础设施需要做哪些改进,为什么?目前你用的最多的云产品和Web Service API是哪些? 等待你的真知灼见:
  知乎:http://www.zhihu.com/question/24719395
  知因:http://www.knowgene.com/question/1639

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3 thoughts on “谈谈ODPS商业化(五):华大基因在ODPS上做的试验

  1. Pingback: 谈谈ODPS商业化(一) | joyfire 王乐珩

  2. 崔韩冬

    我有一个问题,如果把计算放到云端,那也要把客户的样本数据放到云端,我们的样本数据小的有几G,多的有几十G,怎么解决数据传输到云端的问题?

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